上巳节在我国由来已久，最早在汉代的《周礼》中就可以找到关于上巳节的记载：“岁时祓除，如今三月上巳如水上之类。”

在古时，上巳节是“祓禊”的日子，有说法认为上巳节起源于一种叫做兰汤辟邪的巫术活动，这种巫术是将兰草看作灵物进行沐浴的活动。兰草香气袭人，古时人们在举行重大的祭祀仪式时都会先行就行斋戒，他们会采用当时最好的沐浴方式，用兰汤来沐浴。而当兰汤沐浴成为一种辟邪法术时，这种沐浴活动就必须由专职的女巫进行组织和领导。

另一种观点认为上巳节起源于先民的生殖崇拜活动。因为祓禊活动本是男女春日相欢、妇女祈孕的信仰行为，而持兰草或香薰草药沐浴都有唤起欲的作用。水在古代一直被视为神秘的感生物质，妇人临河不仅欲洗去冬日的尘垢，同时也盼触水感孕而得子。这种方式原始宗教相关的近水祝殖信仰有关。

还有一种说法是上巳节起源于对轩辕黄帝的纪念。相传三月三日是黄帝的诞辰，中原地区有“二月二，龙抬头；三月三，生轩辕”的说法。