蔡元培故居的地址位于绍兴城区笔飞弄13号。在1989年12月被浙江省人民政府公布为浙江省文物保护单位，2001年6月被国务院列入第五批全国重点文物保护单位。

蔡元培祖籍诸暨，明隆庆、万历年间迁居山阴（今绍兴），蔡元培的嘉谟公于清道光年间在笔飞弄购置房屋。1868年1月11日，蔡元培诞生于此，座楼东次间是他的书房兼卧室。在他28岁进京任翰林院编修前及在绍郡中西学堂任职和历次返乡时都居住在此处。在中华人民共和国成立前，蔡元培故居由蔡氏后裔及外姓居民居住。

1987年，为纪念蔡元培诞辰100周年，绍兴市人民政府对第一、二进住户进行劝迁，由文管处实施，按原样修复，建成蔡元培纪念馆。

蔡元培故居的主体建筑是坐北朝南，为砖木结构，共三进。第一进门厅坐西朝东，上悬刘海粟手书“蔡元培故居”匾额；第二进厅堂和第三进楼房均坐北朝南，三进分布不在同一轴线上。第二进一堂两厅，已辟为陈列室，堂厅正中放着蔡元培半身塑像，颇有学者风度。左壁悬有毛泽东撰、沙孟海书的“学界泰斗，人世楷模”巨幅联语；右壁有周恩来撰、沈定庵书的“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由”的对联。后进为坐楼，五楼五底，蔡元培就出生在此处，并度过了童年和青少年时代。蔡元培故居大厅前厢房、大厅及两边间、座楼前西厢房及座楼西边间均辟为“蔡元培生平史迹陈列室”，介绍蔡元培先生一生业绩。