铁木真的后妃共有四十多人，大部分是从各部落、各国掳来的。铁木真册立了四位大皇后，他让后妃分局在四个斡鲁朵中，每个斡鲁朵都有一位首领。

铁木真的妻子有：孛儿帖可敦（正宫皇后）、忽鲁伦可敦、阔里杰担可敦、脱忽思可敦、帖木伦可敦、亦怜真八剌可敦、不颜忽秃可敦、忽胜海可敦、忽兰可敦（皇后）、古儿别速可敦、亦乞列真可敦、脱忽思可敦、也真可敦、也里忽秃可敦、察真可敦、哈剌真可敦、乃蛮女、也遂可敦、忽鲁哈剌可敦、阿失仑可敦、秃儿哈剌可敦、李嵬名（皇后）、阿昔迷失可敦、完者都可敦、浑都鲁歹可敦、忽鲁灰可敦、刺伯可敦、也速干可敦、忽答罕可敦（皇后）、合答安可敦（皇后）、斡者忽儿可敦、燕里可敦、有秃该可敦、完者可敦、金莲可敦、完者台可敦、奴伦可敦、卯真可敦、完颜氏、亦巴合别乞可敦、谟盖可敦、肃良合氏、八不别乞可敦。其中地位最高的要属正妻孛儿帖。

铁木真共有8个儿子，6个女儿。长子术赤，次子察合台，三子窝阔台，四子拖雷，这四个孩子生母都是正妻孛儿帖。五子兀鲁赤，生母是塔塔儿女子；六子阔列坚，生母忽兰；七子察兀儿，生母也速干；八子术儿彻，生母乃蛮女。女儿分别是：火臣别吉，封号昌国大长公主；扯扯亦坚，封号延安公主；阿剌海别吉，封号赵国大长公主；秃满伦，封号郓国公主；阿儿答鲁黑；也立安敦，封号高昌公主。