子囊菌门(Ascomycota)是真菌界中种类最多的一个门,其中除酵母亚门为单细胞外,其余种类都是多细胞的,有分枝、有隔的菌丝组成的。
在无性繁殖时,会出芽或分生孢子;有性繁殖时都能形成有盖或无盖的、棒状或卵形的子囊,通常子囊内进行减数分裂生成八个子囊孢子,子囊分散、单细胞种类子囊裸露、多细胞种类子囊包在由菌丝结成的子实体内,称为子囊果。
子囊菌门的真菌都是寄生或腐生,对人类生活非常重要的有酵母菌、冬虫夏草、青霉菌、可以食用的羊肚菌等,也有很多种为植物致病菌。