参见古菌分类表

历史古菌知识图谱查看详细关系图古菌关系图谱新域的诞生古菌最早是在一些极端环境，如火山温泉中发现的。图为黄石国家公园的大棱镜温泉。在20世纪的大部分时间里，原核生物因其生化、形态和代谢上的一致性被视为分类上的单组生物。在这一时期，微生物学家试图根据其形状、细胞壁结构以及所消耗的物质来对微生物进行分类。然而，在1965年有一种新方法被提出，即使用生物体的基因序列来搞清这些生物是如何相关联的。这种方法称为系统发育，是今天生物分类所使用的主要方法。古菌给一些温泉（例如牵牛花温泉）染了色。“古细菌”这个概念第一次出现是在1977年，由卡尔·乌斯和乔治·福克斯提出的，原因是它们在16S核糖体RNA的系统发生树上和其它原核生物的区别。这两组原核生物起初被定为古细菌和真细菌两个界或亚界（当时乌斯与福克斯更倾向于用“总界”一词）。后来乌斯认为它们是两支根本不同的生物，于是在1990年重新命名其为古菌和细菌，...

形态从卫星图片亦可以看到于阿蒂特兰湖生长著大片蓝藻。藻体为单细胞或群体，或为细胞成串排列组成藻丝状的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝，不具鞭毛，不产游动细胞，一部分丝状种类能伸缩或左右摆动；细胞壁缺乏纤维素，由肽聚糖组成，壁外常形成胶质鞘；无真正细胞核，核的组成物质集于细胞中央，无核膜及核仁；细胞内除含有叶绿素和类胡萝卜素外，尚含有藻蓝素，部分种类含藻红素；色素不包在质体内，而分散在细胞质的边缘，藻体因所含色素种类和多寡而呈现不同的颜色。分类和细菌同属原核生物界，无膜状胞器，体内作用易互相干扰。分布蓝菌主要分布在含有机质较多的淡水中，部分生于海水中、潮湿和干旱的土壤或岩石上、树干和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐卤池、岩石缝中都可以发现蓝菌；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如土壤蓝藻）；也有同真菌共生形成地衣，或生于植物体内形成内生植物，少数种类能生活于85℃以上的温...

一般特征大多数医学或经济上的放线菌亚纲的重要作用，都离不开放线菌目。在许多这一目的细菌中，只有链霉菌属是值得注意的抗生素来源。在那些放线菌亚纲而不是放线菌目的细菌中，加德纳菌是受到研究最多的细菌之一。加德纳菌的医学分级是有争议的，而且医学主题词把它分类为既是革兰氏阳性细菌也是革兰氏阴性细菌的生物。放线菌亚纲，尤其是链霉菌属，被公认为是许多医学上对于人类有用的生物活性代谢物的制造者，例如抗细菌药物、抗真菌药物、抗血栓药、免疫调节剂、抗肿瘤药和酶抑制剂；在农业上，它的用途包括杀虫剂、除草剂、杀菌剂和动植物生长促进剂。医学上重要的放线菌来源的抗生素包括氨基糖甙类药物、蒽环类药物、氯霉素、大环内酯类药物、四环素类药物等等。链霉菌属和其他放线菌属生物主要有助于土壤的生物缓冲作用并在作物生产的有机物分解导电中扮演着一定作用。系统发生为大多数人所接受的分类是以以系统命名法命名的原核生物名单（LPSN）和...

分类厚壁菌门原来分为三个纲：厌氧的梭菌纲、兼性或者专性好氧的芽孢杆菌纲，和没有细胞壁的柔膜菌纲。在系统发育树上前两类显示出并系群或者复系群的特征。因此它们的分类有待进一步研究，例如柔膜菌纲，有研究认为应该放在另外一个门，但也有其他研究认为应该留在这个门。以下为本门当中比较著名的属及其所属的纲目：芽孢杆菌纲（Bacilli）梭菌纲（Clostridia）丹毒丝菌纲（Erysipelotrichia）NegativicutesThermolithobacteria柔膜菌纲（Mollicutes）参见细菌分类表#厚壁菌门(Firmicutes)革兰氏阳性菌