形态

  从卫星图片亦可以看到于阿蒂特兰湖生长著大片蓝藻。

藻体为单细胞或群体，或为细胞成串排列组成藻丝状的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝，不具鞭毛，不产游动细胞，一部分丝状种类能伸缩或左右摆动；细胞壁缺乏纤维素，由肽聚糖组成，壁外常形成胶质鞘；无真正细胞核，核的组成物质集于细胞中央，无核膜及核仁；细胞内除含有叶绿素和类胡萝卜素外，尚含有藻蓝素，部分种类含藻红素；色素不包在质体内，而分散在细胞质的边缘，藻体因所含色素种类和多寡而呈现不同的颜色。 分类和细菌同属 原核生物界 ，无膜状胞器，体内作用易互相干扰。

分布

蓝菌主要分布在含有机质较多的淡水中，部分生于海水中、潮湿和干旱的土壤或岩石上、树干和树叶上，温泉中、冰雪上，甚至在盐卤池、岩石缝中都可以发现蓝菌；有些还可穿入钙质岩石或介壳中（如穿钙藻类）或土壤深层中（如土壤蓝藻）；也有同真菌共生形成地衣，或生于植物体内形成内生植物，少数种类能生活于85℃以上的温泉或终年积雪的极地。

蓝菌已知约2000种。目前蓝菌的系统发育分类仍未确定，根据色素种类可单分出类似植物的叶绿体，含有叶绿素a和叶绿素b的原绿藻类，根据形态可分为色球藻目（Chroococcales）、宽球藻目（Pleurocapsales）、颤藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分类可能除真枝藻目以外均非单系群，有待进一步研究。形态分类可参见细菌分类表。是发现年代最早的化石。

分类

虽然传统上 蓝绿菌 归于藻类，称为 蓝绿藻门 （Cyanophyte），最新研究早已将它排除，因为其和藻类差异甚大。藻类是有膜状胞器的原生生物界成员，蓝菌是缺乏围的胞器（膜状胞器）的 原核生物 ，含有单一环状染色体，细胞壁含有肽聚糖，核糖体大小、成分和真核生物不同。 蓝绿藻在特化折叠的原生质膜（称为 叶绿囊膜 ）上行光合作用。因此，它们即使拥有类似的生态栖位，彼此仍然差异很大。

危害

  显微镜下的发菜，同属蓝菌门，可见念珠状的藻丝及异形胞（明显大于营养体细胞）

  蓝菌产生的水华现象

  蓝菌毒素令鱼类死亡

毒素

国际间对食用蓝菌门生物开始关注，因为不论土生和水生的蓝菌生物皆含有神经毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），并可能透过食物链不断累积产生生物放大作用，对人类的损害将逐渐增加。BMAA已证实会对动物产生强烈的毒性，加速动物脑神经退化、四肢肌肉萎缩等等，小量BMAA积累已能选择性杀死从老鼠的神经元。

蓝菌的次生代谢产物 微囊藻毒素 （ 英语 ： Microcystin ） 有非常强的毒性，可能会严重损害肝脏 ，引致肝癌 。1996至1999年间，美国俄勒冈健康部门（Oregon Health Division）曾对市面上87种蓝菌及螺旋藻保健食品进行测试，发现其中竟然有85种保健食品均含有微囊藻毒素。

不同种类的蓝菌含有不同类型的毒素，当中包括神经毒素（Neurotoxin）、肝毒素（Hepatotoxicity）、细胞毒素（Cytotoxicity）及内毒素等，使他们对人体及动物构成生命危险。已有纪录证明饮用或于被蓝菌污染的水源接触会引致中毒现象 ，但实际多少的摄取量会致命则未有定论。

污染水质

蓝菌和藻类皆会产生有腥臭味的“水华”（又称藻华）现象，最大危害是令饮用水源受到威胁，毒素影响人类健康。亦会盖住池水令鱼类缺氧死亡。

螺旋藻、螺旋菌

螺旋藻同属于蓝菌门，最初是由非洲乍得居民当作食物，虽然现时也是一种流行的商业保健食品，但螺旋藻的健康及治疗效用一直备受质疑 。很多赞成的主张都是着重螺旋藻包含的个别养份，如γ-亚麻酸（GLA）、不同的抗氧化剂等，而不是着重直接食用螺旋藻。螺旋藻含有的所有营养如维生素，全部均可以在一般正常食物中找到，根本没有食用必要，但螺旋藻却会另外对重金属产生富集作用 。2008年，云南省疾控中心就对市场上25个品牌的螺旋藻进行检验，发现重金属铅和镉的含量均超标 。另外，螺旋藻食品所含的毒素，也是值得关注的问题。

参见

BMAA神经毒素

微囊藻毒素

重金属

太古宙是地球的史前时期

元古宙是地球的史前时期，也被称为“菌藻时代”

氧气的地质历史 （ 英语 ： Geological history of oxygen ）

大氧化事件

浮游植物

叠层石

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