真菌学（英语：Mycology，源自希腊文μύκης）是研究真菌类的学门，探讨这类生物的遗传学、生物化学或是分类学，以及真菌对人类的用途等，包括火种，医药（例如：青霉素），食物（例如：啤酒，葡萄酒，奶酪，可食用菌等），和宗教致幻剂，以及它们的危险，如中毒或感染。专门从事真菌学的生物学家被称为真菌学家。
从真菌产生植物病理学领域，研究植物病害，并且两个学科保持密切的关系，因为绝大多数的“植物”病原体是真菌。
在历史上，真菌学是植物学的一个分支，这是因为真菌曾经被归类为植物。现在已知真菌演化上的亲缘关系较接近的是动物而不是植物，直到几十年前这是未被识别的。先驱真菌学家包括伊利阿斯·马格努斯·弗里斯，克里斯蒂安·亨德里克·珀森等。
许多真菌产生毒素，抗生素和其他次生代谢产物。
真菌在地球上的生命中作为它们的共生生物的角色中是基本的，例如以菌根的形式，昆虫共生，和地衣。许多真菌能够分...
