变形菌门(Proteobacteria)是细菌中主要的一门,包括很多病原菌,如大肠杆菌、沙门氏菌、霍乱弧菌、幽门螺杆菌等著名的属。也有自由生活(非寄生)的种类,包括很多可以进行固氮的细菌。
卡尔·乌斯于1987年建立这个群组,非正式的称这是“紫细菌及其亲属”。变形菌门主要是由核糖体RNA序列定义的,名称取自希腊神话中能够变形的神普罗透斯(这同时也是变形菌门中变形杆菌属的名字),因为该门细菌的形状具有极为多样的形状。