四川巴中有个村全部是伏姓，墓碑也很古老，大概会是伏氏那个的后裔？

我觉得不是，而且我认为这个 伏姓还肯定跟 伏羲没多大关系，因为 三皇五帝时代是仅仅存在与 文献中的一个时代，并未有实在的证明来证实它真正的存在， 后世的编著，比如 史记编撰的年代，跟春秋左转的记述都很简略，既没有明确的证据，也没有实在考证，（古人思想跟现代人不同，考证的方法自然也是局限与那个时代的）。而且一个重要 史实是，中国人到了东周时代才有 姓氏， 以前是只有 贵族有姓氏的，比如 黄姓最早的 来源是 河南 一个地方有个小国叫 黄国，而全国人没有姓，就跟这贵族姓了黄。而且姓氏是不固定的，（参见东周历史),可能 爷爷姓这个姓，到了 孙子 改姓也是有的， 后代 君王的赐姓行为也很多，所以不可以就这样说，这个伏姓就是 古代的那个 血脉，很可能是这个这伏姓的 先人仰慕伏羲的 功德而把自己的原来的姓氏改成这样。
另外伏羲为三皇五帝之一，但是到了 周代，贵族中却没有这个姓氏，比较常见的是 姬姓，跟芈姓。所以即使在历史上有 这个人，伏羲也很可能是外号或者别的什么，就像 黄帝是 轩辕氏， 炎帝是 神农氏，而现实中却少有人是这些姓氏，有的也是 后来为之。