荧光显微镜
原理
荧光显微镜的原理图。
样品被照射特定波长（或波段）的光，其被 荧光团 （ 英语 ： Fluorophore ） 吸收，导致它们发出更长波长的光（例如，和被吸收的光不同的颜色）。通过使用光谱发射滤片，该照明光被从弱得多的发射荧光中分离出来。
近年来在生物学研究中，荧光标签被广泛地使用来标定生物分子，使荧光显微镜变得更加重要。它以水银灯或 氙气灯 （ 英语 ： Xenon arc lamp ） 为光源，搭配具 激发滤片 （ 英语 ： Excitation filter ） ， 发散滤片 （ 英语 ： Emition filter ） 滤片组的光学仪器。
目前被普遍使用的荧光显微镜，是属于 落射荧光显微镜 (Epi-Fluorescence Microscopes，见右图)，是指激发光的来源和观察的位置(接目镜)，皆位于样品的同方，通过相同的光路。这些显微镜被广泛应用于生物学，并且是更先进的显微镜设计的基础，例如共聚焦显微镜或全内反射萤光显微镜(TIRF)。
光源
荧光显微镜要求强烈的，近乎单色光的照明，这是一些普遍的光源，比如卤素灯泡不能提供的。四种主要类型的光源的使用，包括 氙气灯 （ 英语 ： Xenon arc lamp ） 或带有激发滤片(Excitation Filter)的水银灯，激光，超连续光谱光源，和高功率发光二极管(LED)。激光被最广泛地用于更复杂的荧光显微技术，像共聚焦显微镜或全内反射萤光显微镜(TIRF)。而 氙气灯 （ 英语 ： Xenon arc lamp ） ，水银灯，和发光二极管(LED)与分色激发滤片通常被用于广角落射荧光显微镜(Epi-Fluorescence Microscopes)。
奥林巴斯BX51荧光显微镜及数位影像处理系统
自体荧光超高分辨率显微镜记录细胞结构
荧光显微镜图片
正在分裂中的人类肿瘤细胞三个组成部分的落射荧光成像。DNA被染成蓝色，一种叫做INCE的蛋白质是绿色的，而微管是红色的。每个荧光成像单独使用的激发光谱和发射滤光片的不同组合，图像是使用CCD数码相机按顺序拍摄的，然后叠加给出一个完整的图像。
牛肺动脉内皮细胞（BPAE），使用DAPI将核染成蓝色；微管则被 FITC （ 英语 ： Fluorescein isothiocyanate ） 的绿色萤光所标记；肌动蛋白丝则被TRITC标示了红色。
3D双色超高分辨率显微镜，人类表皮生长因子受体2（HER2），人类表皮生长因子受体3（HER3）在乳腺癌细胞中，染料：Alexa488，Alexa568，利蒙显微镜
萤光原位杂合技术（FISH），丝粒探针杂交，人类淋巴细胞核染色，荧光染料 (DAPI)，13号染色体（绿色）和21号染色体（红色）
利用RFP和GFP萤光标记物标示酵母细胞的膜蛋白。
超高分辨率显微镜：黄色荧光蛋白 (YFP)单分子在人类癌细胞的检测
超高分辨率显微镜：共定位显微镜（2CLM），绿色荧光蛋白（GFP）和红色荧光蛋白（RFP）融合蛋白（骨癌细胞的细胞核）
海拉细胞的高尔基体（橙色），微管（绿色）和染色体（青色）的多光子荧光图像。
经过蓝色赫斯特染色的海拉细胞染色体，中间与右边的细胞正经历分裂间期，可见整个细胞核都呈蓝色。而左方的细胞正在进行有丝分裂，其细胞核正在崩解，准备接下来要进行的分裂。
利用萤光显微镜观察人类野生型与P239S突变型的表现。
血液细胞太阳耀斑病理，荧光显微镜图像下红色为受影响的区域
过敏性紫癜的患者，用抗IgA抗体制备的皮肤，IgA的沉积在表浅小的毛细血管(黄色箭头)的血管壁上。在上面的浅绿色波浪区域是表皮 (皮肤)，底部纤维区域是真皮
红斑狼疮的患者，直接免疫荧光法，并示出的IgG沉积物
猪皮肤下血管，荧光染色平滑肌的肌动蛋白
在C2C12分化细胞中，ViewRNA 检测 miR-133 (绿色)和肌细胞生成素 mRNA (红色)
参看
水银灯
斯托克斯位移（Stokes shift）
显微镜
氙气灯 （ 英语 ： Xenon arc lamp ）
绿色荧光蛋白（GFP）
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