第一次：国史大系、续国史大系

在明治30年（1897年）至明治34年（1901年）期间，日本的经济杂志社刊行了《日本书纪》等17册古籍，称《国史大系》。其续编版15册于明治35年（1902年）至明治37年（1904年）以《续国史大系》为名刊行。田口卯吉编辑，以黑板胜美为主校订。其目录如下：

1.日本书纪

2.续日本纪

3.日本后纪、续日本后纪、日本文德天皇实录

4.日本三代实录

5.日本纪略

6.日本逸史、扶桑略记

7.古事记、先代旧事本纪、神道五部书、释日本纪

8.本朝世纪

9-11.公卿补任

12.令、类聚三代格、类聚符宣抄、续左丞抄

13.延历交替式、贞观交替式、延喜交替式、延喜式

14.百炼抄、愚管抄、元亨释书

15.古事谈、古今着闻集、十训抄、荣花物语

16.今昔物语集

17.宇治拾遗物语、水镜、大镜、今镜、增镜

1-3.续史愚抄

4.吾妻镜（前）

5.吾妻镜（后）※ 附录（宗尊亲王镰仓御下向记、建长四年政所始次第、关东开辟皇代并年代记、武家年代记）

6-8.后鉴

9-15.德川实纪

第二次：国史大系六国史、国史大系类聚国史

黑板胜美对以刊行的国史大系中的六国史再次进行校订，并新增《类聚国史》，编成《国史大系六国史》4册和《国史大系类聚国史》一册，共计5册，于大正2年（1913年）至大正5年（1916年）期间于经济杂志社刊行。其目录如下：

1.日本书纪

2.续日本纪

3.日本后纪、续日本后纪、日本文德天皇实录

4.日本三代实录

5.类聚国史

第三次：新订增补国史大系

于昭和4年（1929年）至昭和39年（1964年）期间由吉川弘文馆刊行，共66册。黑板胜美编辑，丸山二郎校订。其间，黑板胜美于1936年病倒，1946年逝世。丸山二郎、黑板昌夫、坂本太郎成立国史大系编修会，继续该事业。1964年完成，丸山二郎代表该会接受了朝日文化赏。

此后，在平成10年（1998年）和平成14年（2002年）全卷曾两度复刊。平成19年（2007年）8月，全卷的随选打印（OD）版发行。

此外，校订担当者一直没有发表的《国史大系书目解题》下卷（吉川弘文馆、平成13年（2001年），也在发行之际初次发表。

其目录如下（括弧内为担任校订者）：

1上･下.日本书纪（丸山二郎、土井弘、井上薰）

2.续日本纪（坂本太郎）

3.日本后纪、续日本后纪、日本文德天皇实录（同上）

4.日本三代实录（同上）

5･6.类聚国史（同上，然而编年索引为丸山二郎、山田康彦）

7.古事记、先代旧事本纪、神道五部书（丸山二郎）

8.日本书纪私记（坂本太郎）、释日本纪（坂本太郎）、日本逸史（坂本太郎、黑板昌夫）

9.本朝世纪（吉村茂树、马杉太郎）

10.日本纪略（前篇）（黑板胜美、坂本太郎）

11.日本纪略（后篇）、百炼抄（同上）

12.扶桑略记（坂本太郎）、帝王编年记（丸山二郎、黑板昌夫）

13-15.续史愚抄（丸山二郎、坂本太郎）

16･17.今昔物语集（丸山二郎・山田康彦）

18.宇治拾遗物语（丸山二郎、山田康彦）、古事谈、十训抄（丸山二郎、坂本太郎、山田康彦）

19.古今着闻集（丸山二郎）、愚管抄（平泉澄、丸山二郎、坂本太郎、山田康彦）

20.荣花物语（丸山二郎、原田文穗

21上.水镜（马杉太郎、原田文穗）、大镜（丸山二郎、马杉太郎、原田文穗）

21下.今镜、增镜（原田文穗）

22.律、令（坂本太郎、黒板昌夫）

23･24.令集解（丸山二郎、坂本太郎、黒板昌夫、梅田俊一、原田文穗、弥永贞三）

25.类聚三代格（坂本太郎）、弘仁格抄（丸山二郎）

26.交替式（延历交替式、贞观交替式、延喜交替式）、弘仁式（以上丸山二郎）、延喜式（坂本太郎）

27.新抄格敕符抄（坂本太郎）法曹类林（丸山二郎、黑板昌夫、泷川政次郎）、类聚符宣抄、续左丞抄（以上、坂本太郎、黑板昌夫）、别聚符宣抄（坂本太郎）

28.政事要略（丸山二郎、黑板昌夫、泷川政次郎）

29上.朝野群载（相田二郎、吉村茂树）

29下.本朝文粹（丸山二郎、黑板昌夫、土井弘）、本朝续文粹（土井弘）

30.本朝文集（丸山二郎、坂本太郎、土井弘）

31.日本高僧传要文抄（坂本太郎）、元亨释书（丸山二郎）

32･33.吾妻镜（丸山二郎、相田二郎、平泉澄）

34-37.后鉴（丰田武、平泉澄、原田亨一、丰田武）

38-47.德川实纪（井野边茂雄、丸山二郎、黑板昌夫、马杉太郎）

48-52.续德川实纪（同上）

53-57.公卿补任（黑板昌夫、马杉太郎）

58-60上･下.尊卑分脉（皆川完一、笹山晴生、山本信吉、饭田瑞穗、三木太郎、福原一男、大桥京子）

别卷1.公卿补任索引（马杉太郎）

别卷2.尊卑分脉索引（皆川完一、渡边直彦、山本信吉、饭田瑞穗、早川庄八、大桥京子）

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