逆转录酶
病毒的功能
逆转录酶在逆转录病毒里是用来在复制以及编码的反应过程中。逆转录RNA病毒像是逆转录病毒,利用该酵素将他们的RNA基因组转换成DNA,再将该DNA送至宿主细胞中,并且和宿主细胞的基因组一起进行复制。逆转录DNA病毒,像是嗜肝DNA病毒,可以在组装时,将RNA当作模板制造出DNA。HIV借由此酵素感染人类。若是没有逆转录酶,这些病毒的基因组就不能和宿主细胞结合,进而导致复制失败。
逆转录的过程
逆转录酶从RNA模板中制造出单股DNA。在缺乏DNA-dependent DNA聚合酶的病毒中,双股DNA的制造可以经由宿主编码DNA聚合酶δ完成,过程中可能会将病毒的DNA-RNA引子误认并且借由和引子去除类似的机制合成出双股DNA,而在新的合成的DNA即取代了旧有的RNA模板。逆转录的过程的错误率很高,因此在整个步骤中突变有很大的机会会发生。这种突变的现象可能会形成病毒的抗药性。
逆转录病毒的逆转录
逆转录病毒,或称VIssRNA-RT病毒,是用DNA当作中间产物的RNA逆转录病毒。他们的基因组通常由两个正感知且有5’端帽和3’端聚线苷酸尾的单股RNA。逆转录酶如人类免疫缺乏病毒(HIV)和人类T淋巴细胞病毒 HTLV ( 英语 : HTLV ) 。在细胞质中制造双股DNA的过程有以下步骤
由特殊细胞的tRNA当作引子,并且和互补的病毒基因组进行杂交,称为引子黏接位或PBS。
互补DNA接下来和病毒RNA的U5(非编码区)和R区(在RNA的两边末端的重复区域)结合。
在逆转录酶上的 核糖核甘酸酶H ( 英语 : RNase H ) 会将用来移除U5和R区的5’端的RNA降解。
引子接下来会跳到病毒基因组中的3’端并且和新制造的一股DNA在RNA上杂交组合成互补的R区。
第一股互补DNA(cDNA)会被延展并且病毒的主要RNA会被RNAse H降解。
一旦一股完成了,第二股就会从病毒的RNA的一开始进行合成
接下来另外一个引子就会跳到第二股的PBS处,与第一股互补的PBS进行杂交
双股会被延展并借由整合酶被并入宿主细胞
制造双股DNA也牵涉到股的转移,即从一开始的RNA dependent DNA合成出来较短的DNA转移至其他基因组模板中的受体,而此受体接下来会借由逆转录酶进行DNA-dependent DNA的激活。
逆转录病毒的RNA在5’端和3’端被重新排列。引子黏接在RNA病毒的位置的区域称为引子结合区(PBS)。PBS区的5’端称为U5,而PBS的3’端称为领先区。tRNA的引子在14和22区的核甘酸被解开且和病毒的RNA与PBS形成碱基对。事实上PBS在病毒的RNA的5’端上是不正常的,因为逆转录酶是从3’端合成出DNA,方向是5’到3’(相对于RNA模板)。因此引子和逆转录酶必须位在病毒的RNA的3’端。为了成功的将之重新定位,需要许多的步骤以及酵素,包含DNA聚合酶,RNAse H以及已解开的的聚合苷酸来参与反应。
HIV的逆转录酶也有核糖核甘酸酶用来激活,目的是将在合成cDNA的过程中将病毒的RNA降解,如同DNA dependent DNA聚合酶将cDNA股合成为无意义的DNA来组成病毒的双股DNA中间产物(vDNA)。
在真核生物
自行复制真核细胞的延长基因组称为逆转录转座子,借由逆转录酶去移除RNA的其中一个位置。他们在植物和动物中的基因组中大量发现。端粒酶是另外一种逆转录酶,在许多真核生物,像是有自己的RNA模板的人类中发现,这些RNA会被用来当作DNA复制的模板。
在原核生物
逆转录酶亦从细菌的 Retron msr RNAs ( 英语 : Retron msr RNA ) ,一种特殊的片段,由逆转录酶编码,且拿来合成 msDNA ( 英语 : msDNA ) 。合成DNA时需要引子。在细菌里,引子的合成是在复制的过程中制造。
构造
逆转录酶包含RNA-dependentDNA聚合酶和DNA-dependent DNA聚合酶,两者一起用来表现转录的过程。在一开始转录因子中,逆转录病毒的逆转录酶有RNase H家族的重要区域。
复制保真度
逆转录病毒的生活史中有三种不同的复制系统。第一种,逆转录酶从病毒的RNA合成出病毒的DNA,进而制造出新的互补DNA。第二种复制方式则是在宿主细胞的DNA聚合酶开始复制黏合上去的病毒DNA后,RNA聚合酶II就会将原病毒的DNA转录成之后和病毒颗粒包装在一起的RNA。因此,突变可以在这些步骤中发生。
逆转录酶在将RNA变成DNA时有很高的错误率,不像其他的DNA聚合酶,他没有校正的功能。这种较高的错误率相对于有校正的复制过程,可以促进突变的累积。一般市面上由 Promega ( 英语 : Promega ) 购买到的逆转录酶,说在AMV中有每17000个碱基就有一个是突变的,而在M-MLV中每30000个碱基就有一个是突变的。
除了创造单核甘酸的基因多样性外,逆转录酶也在一些步骤 初级产物融合 ( 英语 : transcript fusion ) 或 外显子重组 ( 英语 : exon shuffling ) 并且做出人造的反义RNA转录产物。 这种“模板的切换”被推测,这种可以完整的在体内中进行反应的逆转录酶,通常有着可以找出在模式生物中数千个未注明的转录产物。
应用
The molecular structure ofzidovudine(AZT),a drug used to inhibitHIVreverse transcriptase
抗病毒药物
更多有关抗病毒药物的细节,请参照逆转录酶抑制剂。当HIV利用逆转录酶将基因的物质复制并且产生出新的病毒(部分逆转录病毒的增殖圈)。特殊的药物被设计成用来阻断逆转录酶反应的过程,并且抑制逆转录病毒的生长。总体来说,这些药物被称作逆转录酶抑制剂且包含核甘以及核甘酸相似的物质,齐多夫定(商品名称为多夫),拉米夫定(博路定),和非核甘抑制剂, 奈韦拉平 ( 英语 : nevirapine ) (维乐命)。
分子生物学
更多有关分子生物学的细节,请参照逆转录聚合酶链反应。逆转录酶常用来应用在聚合酶链反应这种研究方式中,以RNA为主的技术称作逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)。典型的PCR技术只能用来用在DNA上,但是有着逆转录酶的帮助下,RNA亦可以被逆转录成DNA,因此使PCR可以分析RNA分子。逆转录酶也同时被应用在从MRNA制作cDNA基因库,市面上买的到的逆转录酶通常在分子生物界里都是被改良过的。其他酵素允许科学家用来进行客隆,或者定义RNA。
逆转录酶也被拿来用在胰岛素的制作。借由将真核细胞的胰岛素的mRNA和逆转录酶注入细菌中,mRNA就可以被插在原生生物的基因组里。大量的胰岛素就会被制造,可以用来取代从猪只的胰岛萃取等的传统方式。直接将真核细胞的DNA注入到细菌的染色质里。在真核细胞mRNA的生产过程中,去除内含子,并且提供一个适当的模板。逆转录酶将RNA重新编成DNA因此可以拿来和基因组黏合。
参见
基因库
DNA聚合酶
MsDNA ( 英语 : msDNA )
逆转录病毒
RNA聚合酶
端粒酶
逆转录转座标记子 ( 英语 : Retrotransposon marker )
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