丰臣秀吉（羽柴秀吉）听闻织田信长死讯时，正在围困备中高松城，用水攻以制其死命，毛利氏无奈前来求和，他迅速与其达成了和议。1582年6月6日夕刻，秀吉引军离开高松城，于次日夜间回到姬路城。秀吉将城内的所有钱财军粮全部发给配下的士兵，准备决战。1582年6月9日晨，羽柴秀吉将姬路城交给浅野长政·小出秀政守备，亲率10000余大军出阵。半夜，羽柴军通过摄津兵库。11日午前，到达尼崎，留守有冈城的信长部将池田恒兴、堀秀政、高山重友、中川清秀等加入秀吉军，使秀吉军的总兵力达到四万余。

12日夜，大军在摄津富田扎营，秀吉登上大坂城，会见了织田信孝与丹羽长秀，然后合兵一处向京都进军。两军在山崎北部对峙。

13日4时，明智军山之手先锋并河、松田队与天王山麓中的中川队交锋，战斗开始。中央的高山队受到明智军斋藤、阿闭队的猛攻，高山队被逼入穷境。幸得中川、堀队从左翼、池田队从右翼夹击，逼退斋藤、阿闭队。此时，羽柴秀长队击破明智军山之手并河队。明智军予备队伊势、藤田队从右翼，津田、村上队从左翼夹击秀吉军。

两军一直处于一进一退的攻防状态。战斗的中心是围绕着抢占战场上的高地，两军的军旗在山麓上相互纠缠，战况相当激烈。然而，随着秀吉的后备部队不断加入战斗，两军的战斗力开始发生变化。

最后由于属于丰臣秀吉军的池田恒兴偷袭明智军的津田信春，使得秀吉军成功包围明智军。午后7时，明智军崩溃，光秀下令撤退。自己引败兵700余人逃入胜龙寺城。然后秀吉采纳了军师黑田官兵卫的进言，闪开北面城门，全力攻打其它三面。士气涣散的城内士兵纷纷从北面开城逃去，连光秀也无法阻止。为了谋图东山再起，光秀和少数近臣离开胜龙寺城，逃往坂本城。在京都山科小栗栖遭到土民袭击，光秀被竹枪刺伤。光秀下马，由沟尾庄兵卫为介错，自杀。家臣进士作左卫门、比田带刀殉死。当地的农民发现这三具尸体；两具可以辨别身份，另一具无头，身穿有桔梗纹的华丽铠甲。后又在附近的土里发现光秀的首级。这也就是日本成语“三日天下”的由来。从发动“本能寺之变”打败织田信长取得政权，到山崎战败，明智光秀仅仅只掌握了十二日天下。

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