皇甫谧并非天生聪明好学之人，到20岁时，他仍不知学习，整日游手好闲，众人都认为他是呆子。皇甫谧虽然对母亲任氏很孝顺，但母亲并不满足于此，她常对皇甫谧哀叹，苦口婆心劝他认真学习。有一次，母亲的良苦用心终于触动了皇甫谧，从此开始，努力钻研，“勤力不怠”，遂“博综典籍百家之言”。后虽得病，但仍手不释卷，并以著述为业，著有《礼乐》、《圣真》等书，自号“玄晏先生”。

　　皇甫谧不善结交，他发誓不为官，整日沉醉于典籍之中，废寝忘食，时人称为“书淫”。他认为“朝闻道，夕死足矣”。

　　皇甫谧的表兄弟梁柳为城阳太守。有一次，梁柳从家乡准备赶赴任所，有人劝皇甫谧去为梁柳送行，好借机拉拉关系，为以后仕途铺路。皇甫谧却说：梁柳为平民百姓时，我送迎都是足不出户，招待无非素食；而今他为太守，我若为他专程送行，那是重城阳太守而轻梁柳，我会于心不安。

　　曹魏后期，魏郡曾推荐皇甫谧为孝廉，景元初，相国府也要召他去任职，他都推辞不就。父老乡亲劝他，他写了《释劝论》来表达自己的心意。西晋初年，晋武帝多次下诏，请他出任官职，并多次派人敦促。皇甫谧上 书武帝，自称草莽之人，不擅官场之事。因其言辞恳切，武帝只好作罢。一年后，又被推举为贤良方正科，他又不应征。他上表武帝，请求借书给他。结果武帝送了他一车书。

　　他所著《针灸甲乙经》影响较大。晋代以前涉及针灸内容的医书，“其文深奥”，“文多重复，错互非一”，加上当时用竹木简刻书，书被视为秘宝，普通的人是不易得到的。由于参考书奇缺，这给皇甫谧编撰工作带来很大困难。然而皇甫谧没有在困难面前低头，他设法借来了需要的医书，经穷搜博采，获得了大量的资料。他把古代著名的3部医学著作，即《素问》、《针经》（即《灵枢》）、《明堂孔穴针灸治要》纂集起来，加以综合比较，“删其浮辞，除其重复，论其精要”，并结合自己的临证经验，终于写出了一部为后世针灸学树立了规范的巨著《针灸甲乙经》，简称《甲乙经》。《针灸甲乙经》，共10卷、128篇。内容包括脏腑、经络、腧穴、病机、诊断、治疗等。书中校正了当时的腧穴总数的穴位654个（包括单穴48个），记述了各部穴位的适应证和禁忌，说明了各种操作方法。这是我国现存最早的一部理论联系实际，有重大价值的针灸学专著，被人们称做“中医针灸学之祖”，一向被列为学医必读的古典医书之一。

　　太康三年（282年），皇甫谧病逝，其子遵照其遗嘱，为他薄葬，不树不封。

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