中平五年(188年)八月，汉灵帝开始设置西园八校尉。任命小黄门蹇硕为上军校尉，虎贲中郎将袁绍担任中军校尉，屯骑校尉鲍鸿担任下军校尉，议郎曹操担任典军校尉，赵融担任助军左校尉，冯芳担任助军右校尉，谏议大夫夏牟担任左校尉，淳于琼担任右校尉，都由蹇硕统一指挥。

　　效力袁绍

　　后来，淳于琼追随袁绍，成为其麾下将领。

　　兴平二年(195年)冬天，汉献帝在曹阳被李傕等人追逼，沮授劝说袁绍：“将军世代担任朝廷宰相，历代以忠义辅助国家。现在天子四处流离，宗庙被破坏，但观察各州郡，虽然外表打着义兵的招牌，内心实际打对方的主意，就没有忧虑关注国家为百姓着想的意思。而且冀州城大体平定，军队强大，士人归附，去西边迎接皇上，将邺县作为皇宫，挟制天子而号令诸侯，畜养兵马来讨伐不向王庭朝拜的人，有谁能够抵御呢?”袁绍准备听从沮授的计策。淳于琼和郭图阻止说：“汉朝王室衰败，为时很久了。现在想振兴王室，不也太难了吗?再说，英雄同时兴起，各自占领州郡，联合聚集徒众，动辄有上万人，这正像秦朝失去帝位，先得到的人成为天子。现在接来天子，动不动就要上书奏闻皇上，服从则权力太小，不服从则违抗皇命，这不是一种好办法。”沮授说：“现在接来天子，在道义上是合理的，在时机上是合宜的。如果不早决定，必定有其他人先去迎接。权变不可失去时机，成功不可嫌其快速，希望您考虑。”汉献帝的登基本来不合袁绍的意愿，所以袁绍没有采纳。

　　官渡初战

　　建安四年(199年)，沮授谏阻与曹操决战，违背袁绍的心意，郭图等进谗说：“沮授监管内外，威权震动三军，如果他逐渐强盛，用什么办法控制他呢?臣下与君主权力一样，国家就灭亡，这是《黄石》书中所忌讳的。再说，统率外面军队的人，不宜参预内政。”袁绍于是将沮授统管的职权分为三个都督，让沮授和郭图、淳于琼每人主管一军，但未来得及实行。

　　建安五年(200年)，淳于琼与颜良、郭图攻白马，遭曹操轻兵掩袭，仓猝逆战，主将颜良被斩，淳于琼军败而走。两军对峙于官渡。

　　同年十月，袁绍使淳于琼率兵万余，押运粮车，宿营北四十里之乌巢，沮授建议派出蒋奇在其外围，以为巡逻，袁绍没有听从。

　　力战身死

　　正当官渡之战处于对峙之际，袁绍谋士许攸因家人犯法被捕而投靠曹操，并告诉曹操关于袁军粮草内部的一切秘密。

　　曹操听后，留下曹洪、荀攸防守大营，亲自率领五千名步骑兵出击。军队一律用袁军的旗号，兵士嘴里衔着小木棍，把马嘴绑上，以防发出声音，夜里从小道出营，每人抱一捆柴草。经过的路上遇到有人盘问，就回答说：“袁公恐怕曹操袭击后方辎重，派兵去加强守备。”听的人信以为真，全都毫无戒备。到达乌巢后，围住袁军辎重，四面放火，袁军营中大乱。正在这时，天已渐亮，淳于琼等看到曹军兵少，就在营外摆开阵势，曹操进军猛击，淳于琼等抵挡不住，退守营寨，于是曹军开始进攻。

　　袁绍听到曹操袭击淳于琼的消息，派轻兵去援救淳于琼，而派重兵进攻曹军大营。袁绍增援的骑兵到达乌巢，曹操左右有人说：“敌人的骑兵逐渐靠近，请分兵抵抗。”曹操怒喝道：“敌人到了背后，再来报告!”曹军士兵都拼死作战，于是大破袁军，斩领将眭元进、韩莒子、吕威璜、赵叡等首级，割下淳于琼的鼻，杀士卒千余人，将他们所有鼻割下，连同牛、马的舌头一同送往袁军，袁军将士大惊。此战，曹军还烧掉袁军全部存粮。

　　淳于琼为曹将乐进所虏获，被带到曹操面前。曹操问淳于琼说：“你今天弄成这样，是什么源故?”淳于琼答：“胜负乃天所控制的，问我干什么?”曹操想要留下淳于琼性命，许攸劝谏说：“以后他照镜子(看到自己的鼻子被割了)，不会忘记今天的(耻辱和仇恨)。”听完，曹操同意杀淳于琼。