从最初的君臣相协，到现在王导的隐忍退让，多次因为刁协的弹劾而自请辞职;而为王导辩解的中书郎孔愉，也被司马睿降职为司徒左长史。司马睿与王氏兄弟，乃至士族之间的矛盾越来越深了。王敦为自己的弟弟深报不平，他上疏司马睿，望司马睿能够宽容王导犯下的过错，令其将功补过。王敦这份上疏，动之以情，晓之以理。

　　然而司马睿收到这份上疏后，对王敦却更加忌讳了。他连夜将自己的叔父，谯王司马承召进宫，与他商议对策。司马承顺承帝心，对此表现得十分愤慨，说：“陛下当初没有早点遏制王敦的势力，以至于到了今天这样的地步。王敦一定会成为朝廷的心腹大患”。刘隗更是在一边煽风点火，让司马睿派遣心腹出镇以提防王敦。恰好此时王敦表请宣城内史沈充代甘卓为湘州刺史，司马睿顺势命司马承出镇。司马承万死不敢推辞，然而行前的一番话已预示了他将来的结局。他对司马睿说：“湘州经历蜀寇，民物凋弊，如果我过去，一定要三年才能参加战事，如果不到三年，即便我粉身碎骨，也没有任何办法。”果然，司马承到了武昌以后，王敦设宴款待他，对他说：“大王知书达理，恐怕并非将才。”司马承在司马睿面前底气不足，面对王敦时却表现出十分傲气，他对王敦说：“你怎么知道我不是将才呢?即便是铅刀，也有一割之用吧!”这样的夸口，在久经战事的王敦面前未免显得有些可笑，因此王敦也并不在意，对心腹钱凤说：“他没有真正带兵，并不知道战场的可怕，不知恐惧而学人讲壮语，可见他也没什么能耐，实在不足为惧”。因此便听之任之了。

　　司马承的任命于江东大局其实并无十分影响，真正引起后来整个东晋局势变化的，恐怕正是司马睿在太兴四年(公元321年)以尚书仆射戴若思为征西将军、都督司、兗、豫、并、雍、冀六州诸军事、司州刺史，镇合肥，丹杨尹刘隗为镇北将军、都督青、徐、幽、平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴的军事任命，“名为讨胡，实备王敦”。尤其是戴若思都督豫州军事，令原豫州刺史祖逖十分不满。他用尽一生心血经营边疆，终于换来了十余年和平，而这一切全都要交由戴若思接管，祖逖“意甚怏怏”，又知道司马睿这次军事任命，实际是为了防备王敦，北伐就此不遂，因此悲愤发病而死。王敦虽然擅自任命官吏，但就目前能看到的史料而言，除却史书评价说他有不臣之心以外，并无任何实际事迹表明王敦有逼宫之嫌。而当戴若思、刘隗出镇时，王敦开始也是从大局出发，写信给刘隗说，“今大贼未灭，中原鼎沸，欲与足下及周生之徒戮力王室，共静海内。若其泰也，则帝祚于是乎隆;若其否也，则天下永无望矣”，希望刘隗不要这样步步相逼;然而刘隗不愧是政治上的矮子，断然回信说：“‘鱼相忘于江湖，人相忘于道术。’‘竭股肱之力，效力以忠贞’，吾之志也”，以王敦心气之高傲，此时又手握重兵，先有司马承出镇湘州，后有戴若思、刘隗出镇司、青，刘隗出言不逊，王导在朝中被司马睿所猜忌疏远——是可忍孰不可忍?

　　永昌元年(公元322年)，王敦于武昌起兵，上疏司马睿，要求杀掉刘隗。这一次，他的上疏中带了十足的威胁之意，“隗首朝悬，诸军夕退...愿陛下深垂三思，则四海乂安，社稷永固矣”，大有你不杀刘隗，我就不退兵之意。到了芜湖，王敦再次上表，不过这次针对的目标是刁协。

　　司马睿终于被王敦激怒，声称要亲帅六军诛讨王敦，能够取王敦项上人头的，封五千户侯。朝臣们很快做出了选择。仆射周顗的态度可以说是代表了朝中大多数人的态度。太子中庶子温峤就王敦起兵这件事问他，周顗说，皇上不是尧舜，当然会有过失，做臣子的怎么能够举兵相胁呢!一方面，他们认为司马睿的确有很多做得不对的地方，然而作为臣子，王敦只能劝谏，而不能举兵相抗。也因此，在王敦之乱中，我们可以看到，参与的人其实很少，大部分人都保持了中立的态度。响应王敦的，大多是琅琊王氏子弟，和王敦的心腹宠信。比如少时就酷爱兵书的沈充，以雄豪闻于乡里，被王敦引为参军，与同郡钱凤一起深得王敦信赖。因此当王敦举兵内向时，沈充立刻在吴兴起兵，王敦以其为大都督、督护东吴诸军事;王敦的兄长，光禄勋王含乘舟逃奔王敦。与此相对的，是谯王司马承与梁州刺史甘卓的拒绝。司马承的拒绝很好理解，他原本就是忠于晋室，此番出镇乃是司马睿的授意，因此当王敦让参军桓罴前去长沙将其请为军司，司马承坚决不从，但却也知道自己势力单薄，不是王敦的对手，不免有“地荒民寡，势孤援绝，将何以济!然得死忠义，夫复何求”的感慨。而甘卓的考量就要复杂得多。他之前因为多次参与平叛，因功被封为湘州刺史，后迁为安南将军、梁州刺史、假节、督沔北诸军，镇襄阳。其在任期间，免除税收，让利于民，宽政简惠，深得称赞。王敦起兵后，曾希望甘卓能与自己一起发兵，但甘卓犹豫再三，终究还是拒绝，他与巴东监军柳纯、南平太守夏侯承、宜都太守谭该等十余人发表檄文，说王敦谋逆，应加以讨伐，又联合陶侃，并命参军邓骞、虞冲至长沙，让谯王司马承坚守。甘卓之所以拒绝，并非为朝廷考虑，而是权衡了司马睿与王敦势力孰优孰劣后作出的决定。因为各方都积极响应甘卓，“征西将军戴若思在江西，先得卓书，表上之，台内皆称万岁”，“陶侃得卓信，即遣参军高宝率兵下”，因此即便是王敦，心里也有些惧怕;刚好甘卓犹豫不定，屯兵猪口，王敦便派其侄儿甘仰求和，对甘卓说，“你这样选择，是尽臣节，我不会责怪你;然而我王家也没有其他更好的办法了，只能这样做”，希望甘卓能班师回襄阳。

　　另一方面，王敦继续行军建邺，司马睿急召戴渊、刘隗入卫京师。刘隗回到建邺后，与刁协一起力劝司马睿尽诛琅琊王氏，然而也许司马睿从一开始就没有打算要真的对王家痛下杀手，只是恼恨臣强主弱的局面;而此时此刻的他终于明白，且不说他没有能力诛杀王氏，即便他有，一旦他尽诛琅琊王氏，天下士人必定寒心，且江东豪族绝不是他与刘、刁诸人所能制衡的。因此在这个紧要关头，司马睿没有同意。王导对此并不知情，见王敦起兵，他心忧如焚，率领族弟中领军王邃、左卫将军王廙、侍中王侃、王彬及诸宗族二十余人，每天早上跪在宫门外待罪。司马睿的立场原本就已经动摇了，再加上周顗的劝解，便命王导入宫觐见。王导十分惶恐，还不待司马睿说话，就不停磕头谢罪，说“没有想到乱臣贼子竟然出在了臣的家族”!唯恐司马睿怪罪更甚。司马睿对王导的话，其实是半信半疑的。他虽然“跣而执其手”，光脚下阶，拉住了王导的手，然而却将王导任命为前锋大都督，要他大义灭亲，前去讨伐王敦;同时，以征虏将军周札为右将军、都督石头诸军事，甘卓为镇南大将军、侍中、都督荆、梁二州诸军事，陶侃领江州刺史，自己亲着戎装，率兵屯守郊外。王敦到了建邺以后，原本想先攻刘隗，然而其部将杜弘却劝他说，刘隗死士太多，恐怕不容易拿下，不如先从周札攻起，因其“少恩，兵不为用，攻之必败”。王敦同意了，于是转攻周札。然而出乎意料的是，周札“开门纳弘”，王敦不战而胜，成功入据建邺。究其原因，可以稍加推测。周札素有脚疾，“不堪拜，固让经年”，而却被有司弹劾，不得已只好前去视职。而史册所载的有司，按当时朝中局势而言，不是刘隗就是刁协诸人，因此周札之叛，也不难理解了。然而王敦进入建邺后，并没有感觉到丝毫胜利的喜悦，反而十分感慨地说：“吾不复得为盛德事矣”!我如今起兵，虽然号称是清君侧，但不免会被当做逆臣，再也不会有什么建功立业，盛名远扬的机会了。虽然这样感慨，但王敦拥兵不前，放任士兵到处劫掠财物，宫中诸人纷纷逃散，仿佛是无声的。司马睿原本命刁协、刘隗、戴渊、王导等人连续出战以攻建邺，在几番战败后，他也丧气了，脱下戎装对左右说：“如果王敦想要我这个位置，早点说不就好了?何必要将百姓拖累到这样的地步呢?”一句话轻轻巧巧地便将前因后果全部撇得干净，仿佛王敦是因为早就觊觎帝位才起兵的。他又遣使对王敦说，如果你不忘晋室，那就息兵吧，这样天下或可安定，否则的话，“朕当归琅邪以避贤路”。后人多以为王敦狼子野心，才将司马睿逼到这样的地步，然而联系前后因果，可知王敦这次起兵，的确是不满刘隗、刁协干预朝政，小则损害琅琊王氏的利益，大则动摇江东豪族拥立之心，绝无不臣之意。而司马睿对王敦这样说，其实也是威胁十足，如果不就此退兵，那么图谋篡位这顶帽子，王敦就戴定了。也因此王敦退兵，司马睿以其为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公，王敦都没有接受，但杀掉了协助司马睿的戴若思、周顗，刁协在逃跑路上为人所杀，送首于王敦;而刘隗则携妻子亲信投奔了石勒，石勒以其为从事中郎、太子太傅——再次体现了刘、刁二人之无有骨节。而得知了戴若思、周顗死讯的甘卓，方寸大乱，不久就为襄阳太守周虑所杀掉了。

　　虽然《资治通鉴》记载说，当初四方劝司马睿称帝的时候，王敦就已经有不臣之心，想改立其他王储，因为王导不同意而作罢，然而还是那句话，评论不足为据，没有任何切实的事例能够表明那时候的王敦想要取晋室而代之。但这次变乱却也让王敦反过来思考晋元帝一脉是否值得拥护。他责备王导没有听从自己的话，改立他人为帝，以至于现在差点被灭族，这句话虽然真假也有待商榷，但“几至覆族”的后怕，一定萦绕在王敦心头，成为挥之不去的一个阴影。更何况，王敦清楚地知道，即便很多人与自己的立场相同，但出于各种考量，多数人现在对自己的定义，无怪乎“乱臣贼子”四个字。譬如周顗死前经过太庙，大呼“贼臣王敦，顷覆社稷，枉杀忠臣;神祗有灵，当速杀之”!其族弟王彬在凭吊周顗后，勃然怒斥王敦屠戮忠良，欲谋不轨，祸及门户等等。大概也有些破罐破摔的意味，王敦渐渐起了谋废立的心思。他原本想废黜太子司马绍，重新迎立东海王司马越的后裔与裴妃，然而因为温峤直言相抗，群臣以沉默表示反对而作罢。

　　然而此时的王敦，兵权在握，其实也不太在乎朝臣的意见了。他以西阳王司马羕为太宰，加王导尚书令，王廙为荆州刺史，进行了一次军事、行政大调动，“转徙黜免者以百数”，十分恣意。谢鲲劝他说，您虽然诛灭佞臣，建有功勋，但入朝以来，一直都称病不去面圣，若是能去觐见天子，君臣释然，一定人情所归，天下尽乐。王敦反问谢鲲，你能保证不发生什么变故吗?纵然有谢鲲的保证，但王敦根本不信任司马睿，终究还是没有觐见司马睿，带兵返还了武昌。但司马睿经过此事后，忧惧成疾，不久后就去世了。太子司马绍即位，是为晋明帝。

　　从这个时候开始，王敦变得渐渐和从前不一样了。他“暴慢滋甚，四方贡献多入其府，将相岳牧皆出其门”。虽然史载其所任用的沈充、钱凤凶险骄恣，大起营府，侵人田宅，剽掠市道，但就史册而言，跟随王敦的时候，并没有太多沈、钱二人“凶险骄恣”的实证。相反，这两人对王敦相当忠诚。尤其是沈充，当晋明帝准备讨伐王敦时，曾让其乡人沈祯前去劝他，许诺事成后将他提拔为司空，也许是对晋明帝的不信任，然而毕竟沈充宁死，也不肯折节背叛王敦。反倒是王敦自己，脾气越发暴虐易怒了。当时高官督护缪坦想将武昌城西地作为军营，太守乐凯劝谏说，这块地是百姓用来种菜的，不应该将其夺走。王敦听了大怒，说：“若不是我来这里，会有武昌这个地方吗?人们说这里的土地都是我的!”乐凯不敢再说，最后还是郭舒不畏王敦，委婉进谏，王敦才将地还给了百姓。这样的事情还有很多，因此这时《晋书》中对他的评价，“多害忠良，宠树亲戚”，也不可谓不客观了。

　　除此以外，王敦还让朝廷征召自己，以谋更大。晋明帝心思慎密，是为深谙权术的皇帝，不欲与此时兵力强盛的王敦相抗，因此从善如流，手诏征之，加黄钺、班剑，奏事不名，入朝不趋，剑履上殿，暗地里却在谋划如何削弱王敦的势力。虽然他曾想以流民帅郗鉴的势力为外援，自己又亲自前往王敦兵营查看地形，但这一切都比不上中书令温峤的无间道效果好。王敦曾以温峤为左司马，温峤事事配合，深为王敦所重，并假意结交钱凤，称赞他说“钱世仪精神满腹”。温峤向来品藻人才闻名，得他一赞，钱凤也对他十分倾心。太宁二年(公元324年)六月，王敦表情温峤为丹杨尹，希望他借机监视朝廷动向。温峤临走前，假装酒醉冒犯钱凤，以至于他走后，钱凤对王敦说，“此人与朝廷往来过密，不能信任”的时候，王敦反而指责钱凤不应该为了温峤酒醉冒犯的事而耿耿于怀。当知道温峤背叛了自己以后，王敦大怒，写信给王导说要将温峤抓来拔掉他的舌头。然而此时的王敦，无疑心有余而力不从心了——他已经病到了钱凤直接问他后事如何的地步了。王敦知道自己若是病死，手下人必定成不了大事，便以养子王应为武卫将军，王含为骠骑大将军、开府仪同三司，又给了钱凤三条建议，“释兵散众，归身朝廷，保全门户，上计也;退还武昌，收兵自守，贡献不废，中计也;及吾尚存，悉众而下，万一侥幸，下计也”。然而钱凤政治才干也十分堪忧，认为王敦所谓的下计，乃是上上之策。与此同时，晋明帝以司徒王导为大都督、领扬州刺史，温峤都督东安北部诸军事，与右将军卞敦守石头，应詹为护军将军、都督前锋及硃雀桥南诸军事，郗鉴行卫将军、都督从驾诸军事，庾亮领左卫将军，吏部尚书卞壸行中军将军。又诏征临淮太守苏峻、兗州刺史刘遐及徐州刺史王邃、豫州刺史祖约、广陵太守陶瞻等入卫京师。王导听说王敦病入膏肓，帅琅琊王氏诸子弟为王敦发丧，以至于众人都以为王敦已经去世，顿时斗志昂扬。

　　不得不说，没有王敦带领的军队，其实与乌合之众没有什么区别，更何况晋明帝手下诸位将领，皆是一时才俊，因此王敦部众节节败退。当听到自己的哥哥王含战败的消息时，王敦大怒，但同时也明白大势已去，不可挽回了。他本欲自己出征，毕竟身体已经不允许了，只好告诉少府羊鉴与王应说，等他死后，“先立朝廷百官，然后营葬事”。说完后不久，王敦就去世了，时年五十八。

　　王应的确没有发丧，他所做的，是用席子将自己养父的尸体草草裹了，在外边涂上蜡，埋在厅堂下面，与诸葛瑶等日夜纵酒淫乐。不久，王敦部将俱被击溃，而王敦的尸体也被挖出来，“焚其衣冠，跽而斩之”，与沈充的头颅一起挂在城南朱雀桁上示众，若不是后来朝廷许可，甚至都没有人敢为他收尸。