由大司马领导主持“尚书事”并不正规，领录尚书事也不是官衔，以人事代制度更非长远之计。于是，东汉光武帝刘秀便干脆建立尚书台，也叫台阁。从此，尚书不再是宫廷秘书或临时事务，而是正式的国家机关。尚书事(事务)变成尚书台(机构)以后，一国两府就成了制度。但，一个国家，两个政府，可怎么办公呢?也很简单：宰相保留官职，政务交给台阁。换句话说，三公的相府徒有其名形同虚设，尚书的台阁才是真正的枢机。因此，到曹魏黄初三年(222)，尚书台便移出宫外，正儿八经地成为了中央政府。到西晋或刘宋，它又变成了尚书省。

　　尚书台为什么能改名为尚书省?因为台和阁都是皇家建筑，只不过台在禁省之内，阁在宫城之中，所以台阁又 又叫台省。改台为省，不过是换了称呼而已。中书省的来历也差不多。汉武帝让尚书越权去管朝政，原来由尚书所做收发保管文件的工作，只好派给别人，这就是中书。但是，领导主持“尚书事”的大司马成为实际上的宰相之后，权倾朝野，炙手可热，皇帝又受不了。因此，汉宣帝刘询便效法他曾祖父武帝的办法，用中书去取代尚书，把大司马架空。这当然是担任大司马的外戚不能接受的。

　　所以到成帝建始四年(前29)，他们又把权力夺回尚书台。到曹魏时期，由于尚书台移到宫外，宫内不能没有秘书处，身边不能没有自己人，魏文帝曹丕便将秘书令改称为中书令，把官署设在宫中，叫“中书监”，晋以后叫“中书省”。结果怎么样呢?一如前例。宫禁之中的中书省，逐渐取代宫禁之外的尚书省成为决策机关，时人谓之“凤凰池”。一个官员，如果由中书令变成尚书令，是要被视为明升暗降的。中书省成了事实上的宰相府，当然又不行，门下省便冒了出来。门下省的前身是侍中寺，曾与东寺和西寺合称“禁中三寺”，东汉末年改称侍中省，曹魏时与散骑省并为“禁中二省”。