钟山始称金陵山，汉代名钟山。三国时，孙权为避其祖父孙钾之讳，借汉秣陵尉蒋子文死难于此之故，改为蒋山；又因钟山古时山岩有紫色页岩，在阳光照射下呈紫金色，又称紫金山。南齐称圣游山；明代朱元璋在此建孝陵，嘉靖中又改名神烈山。钟山在六朝时为佛教圣地，据《金陵梵刹志》载：圣游山，梁朝以前有寺七十所。唐《地理志》云：“江南道名山衡、庐、茅、蒋。”当时的钟山可谓梵刹成林，释子成行，钟磬之声，不绝如缕。

灵谷寺，又称大灵谷寺。原在钟山南麓独龙阜玩珠峰下，即现明孝陵处。始称开善寺，据宋张敦颐《六朝事迹编类》载：“梁武帝天监十三年(514年)，以钱二十万，易定林寺前冈独龙阜，以葬志公。永定公主以汤沐之资，造浮图五级于其上。十四年即塔前建开善寺。”据说，当年塔顶嵌有国外进口的无价琉璃宝珠，因而又称“玩珠塔”。志公即六朝高僧宝志和尚，圆寂后梁武帝将他葬在钟山独龙阜，并造塔建寺。唐乾符(874-879年)中开善寺改称宝公院；南唐升元(937年)中徐德裕重修。宋开宝三年(971年)为开善道场；太平兴国五年(980年)改为太平兴国寺；庆历二年(1042年)，府尹叶清臣奏改十方禅院。

明初，称蒋山寺。洪武九年(1376年)，朱元璋选中独龙阜为陵墓之地，便将蒋山寺从独龙阜迁到紫霞湖南面。这次迁寺曾经动用5万多禁卫军，建筑材料是朱元璋施舍的明朝太庙的旧材。但是，当新寺即将建成时，一些人说寺址不利于孝陵，老住持只好再次搬家。此次，便将志公塔、定林寺、宋熙寺和竹园寺等一同迁至现灵谷寺址。朱元璋赐额“灵谷禅寺”，取“诸佛念生灵，慈佑于民，如呼谷谷应”之意，并题书“第一禅林”四字悬于寺山门。

明代的灵谷寺，是该寺历史上的鼎盛时期，其规模十分宏大，占地500亩。《江宁府志》称：“其殿庑规制仿制大内”，自山门起，万株苍松覆路，山色争翠，五里方至寺。寺的正门在今天南京体育学院西南，该地现在叫大栅门，即由“大山门”转来。寺内建筑弘丽，殿宇如林，有山门、放生池(又名万工池，太祖命万工掘成)、天王殿、金刚殿、五方殿、无量殿、毗卢殿、观音殿、钟楼、宝公塔、三绝碑等。另还有许多名胜古迹，如八功德水、琵琶街、景阳钟等。当年的灵谷寺，松木参天，香烟缭绕，寺僧最多时可达千人。据《金陵梵刹志》载：朱元璋赐给灵谷寺的田地、山塘，共有34000亩，分别在上元、江宁、句容、六合等地。灵谷寺所统寺院有栖霞寺、佛国寺、云居寺等12座。灵谷寺代有高僧驻锡，香火极盛，实为东南名刹。

清朝初年，灵谷寺曾遭战火，毁坏较重，但随着时间的推移，灵谷寺也逐渐得以复兴。清人顾起元《灵谷寺诗》就有“山门才人便悠然，十里深松上绿天，佛刹起扉皆垒嶂，僧寮汲水尽飞泉”之句。

清康熙、乾隆两帝屡次南巡，都曾亲临寺中，均留宸章墨宝。康熙第六次下江南，来到灵谷寺，亲笔题书“灵谷禅寺”。而乾隆六次南巡均游灵谷寺，最后一次(1784年)游寺时，他曾住灵谷寺行宫，并赐给寺院一部《无量寿经》。清代前期灵谷寺有“灵谷深松之称，为金陵四十景之一。

咸丰(1851～1860年)年间，清军攻打太平军时，把江南大营设在灵谷寺南侧的孝陵卫，长期的战火使灵谷寺遭到空前的毁坏。战后，灵谷寺仅存一座无量殿，其它所有建筑均被烧毁。同治六年(1867年)，曾国藩在无量殿东侧建了一座神龙庙。光绪年间，又陆续重修了宝公塔、金刚殿、天王殿等，但其规模远不如明代灵谷寺。

1928年，民国政府在灵谷寺旧址上，建造阵亡将士公墓，将原有的佛像全部并入龙神庙中，从此，龙王庙就成了今天的灵谷寺。1949年后，阵亡将士公墓改为灵谷寺公园。 

现存的灵谷寺，几经修建，虽规模不大，但因寺内珍藏着玄奘法师的顶骨而闻名于世。灵谷寺现分三个院落，东院原为观音殿，今为玄奘大法师纪念堂，供奉玄奘法师像和其顶骨纪念塔一座。玄奘法师顶骨是1973年，灵谷寺修复开放时，移入纪念堂的，存放在由北京佛教协会赠送的密檐木塔中。该木塔模型原是北京广济寺放置佛牙所用，又名佛牙塔。西院有弥勒殿、毗卢殿，殿前左右分为钟、鼓楼，清道光(182l～1850年)年间置。后院为藏经楼、法堂、祖堂，院额题“深松觉苑”。西院内有两株百年银桂树，素有桂花王之称，“一秋三度送天香”，花开时节，满院飘香。另有上元伍元瑜书灵谷寺碑，陈鉴敬镌于同治七年(1868年)四月的《灵谷龙神庙记》碑，同治八年(1869年)灵谷寺僧弥修立的《重修灵谷寺功德碑记》等碑刻。

如今的灵谷寺，四周苍树环抱，花香飘逸，佛音缭绕，钟声悠扬，仍为南京名刹之一。

无梁殿在灵谷寺公园内，始建于洪武十四年(1381年)。该殿原为供奉无量寿佛，故称无量殿。又因整个建筑没有一根梁柱，也不用寸木寸钉，自基至顶，全用巨砖垒砌成券洞穹窿顶而得名无梁殿。

据清康熙五十七年(1718年)《扫葺无粱殿记》载，该殿创建于明洪武年间。正统(1436～1449年)时，殿中祀三大佛，两帝立二十四诸天像，并藏经于殿内。嘉庆(1796～1820年)间、道光十一年(1831年)均曾修葺。太平天国时，灵谷寺是清军江南大营的所在地，寺内建筑均毁于兵火。仅有砖结构的无梁殿保存下来。1928年，国民政府在灵谷寺旧址上建国民革命军阵亡将士公墓“以慰忠魂”。无梁殿作为墓前享殿，名日“正气堂”。还在殿前建大门、石坊，殿后辟墓园，建纪念馆(现为松风阁)和纪念塔，今大部分保存完好。现已辟为灵谷寺公园。

无梁殿是明代灵谷寺主要殿宇之一，也是明朝灵谷寺留存至今惟一的建筑物。殿堂坐北朝南，前有宽敞的月台，面阔五间，东西长53.8米，进深三间，南北37.85米，高22米。重檐歌山殿顶铺灰瓦，脊饰有正吻、角兽和仙人，正脊中部置三个白色琉璃塔，当中最大，塔座中空作八角形，并与殿内藻井相通，此做法在我国现存古建筑中尚属首见。殿檐斗拱民国年间维修时改为水泥制作。殿墙采用明代大砖砌筑。殿前檐墙开三门二窗，后墙设三门，两侧各有窗四个(中间有上、下各一个)，均采拱券形式，外贴水磨砖作壶门状。殿内以东西横向并列三个通长拱券构成，中券最大，跨径11.5米，净高14米，前后两券的跨度各为5米，高7．4米。拱券下有浑厚墙体，前墙构有五个券洞，后墙仅在两边稍间各设一券洞。中券明间正上方藻井顶部留有一八角形孔洞，恰与正脊塔相通且漏光。由于列券的侧向水平推力甚大，因此该殿有前后檐墙皆厚近4米。无梁殿的结构虽简单，但十分牢固，历时600余年，风雨硝烟，仍巍然不动。

目前，我国其他一些地方如山西五台山、四川峨眉山等地的寺庙中也有同样结构的无梁殿，而灵谷寺的无梁殿则是现存时代最早、规模最大的一座。每当春风化雨之时，掩映于郁葱深秀中的无粱殿更显雄浑古拙；而深秋之季，红叶如火，色彩斑斓，桂花飘香，景色更加迷人。

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