双核亚界是真菌界中包含了子囊菌门和担子菌门的一个亚界,两个门一般都有双核体(英语:Dikaryon),可能为菌丝或单细胞生物,但都不具有鞭毛。双核亚界大部分都是所谓的“高等真菌”,但亦包含了许多在旧文献中被归类为霉菌的无性世代物种。在系统发生学里,这两门经常被归类在一起。