崔玄亮,字晦叔,山东磁州(今河北磁县)人,贞元十一年进士,登书判拔萃科,从事诸侯府。性雅淡,好道术。元和初年,被荐入朝。迁监察御史,转任侍御史。宪宗时,历官密、歙、湖三州刺史。与白居易、崔群有往来。
豆卢著在王守澄授意下诬称宰相宋申锡联络皇弟漳王李凑,商议谋反。文宗询问官员意见。崔玄亮与李固言、王质、卢均、舒元褒、蒋系、裴休、韦温都乞求文宗重新和宰相商议,并由适当的部门来调查。崔玄亮下跪,哭着说:“处决一个百姓要谨慎,处决一个宰相更要谨慎。”文宗怒气稍解。牛僧孺也说没必要谋反。王守澄担心文宗被大臣们说服复查宋申锡谋反案,不再坚持处决宋申锡,宋申锡最终被贬。
文宗大和四年改谏议大夫,升迁散骑常侍。终官虢州刺史。有《三州倡和集》。