巴伐利亚公国(英语:Duchy of Bavaria)是中世纪的南德意志邦国,早在公元6世纪就可能建立,一直延续到1805年巴伐利亚王国建立为止。
最初王国领土范围大致巴伐利亚州。后来,公国覆盖了今天的德国东南部和奥地利大部分地区,沿着多瑙河,直到匈牙利边境,然后沿着东部的支流莱塔河延伸。它包含了现代巴伐利亚州的上普法尔茨行政区、上巴伐利亚行政区、下巴伐利亚行政区、上弗兰肯行政区、中弗兰肯行政区(大部分)。
公国历经阿芝诺芬家族,韦尔夫家族和维特尔斯巴赫家族统治,几经沉浮,一直是德意志南部的重要邦国。