巫医起源甚早,《大荒西经》云:“有灵山,巫咸、巫即、巫彭、巫姑……十巫从此升降,百药爰在。”《离骚》中有二次提到“彭咸”。王逸《楚辞章句》注称“彭咸,殷贤大夫,谏其君,不听,自投水而死。”《说文》称“古者巫咸初作巫”。巫医的医疗过程中掺杂许多符咒与迷信。
周朝后期,巫与医开始分歧,《论语·子路》曾记载“人而无恒,不可以作巫医”,《十三经注疏》说:“巫主接神去邪,医注疗病”。《论衡·言毒》载:“巫咸能以祝延人之疾”。到了唐朝仍有巫医的行业,韩愈《师说》:“巫医乐师百工之人,君子不齿。”。今日医学昌明的时代,巫医往往被视为神秘和迷信。