我是一 中国传统文化爱好者，就您的提问谈两点意见仅供参考。
第一：风水理论的确比较讲究我们房间内的“大门”“主卧”“厅”。认为其中“主卧”的门是不能正对着“厨房”或者“卫生间”等辅助房间门的。这是因为，我们住宅内，主卧的房门正对“厨房”、“卫生间”的房门，容易受到辅助房间里某些煞气的影响，是不太好！但这里主要是讲我们主卧与辅助房间房门之间的关系。当然，主卧与主卧之间，其门相对也是不太妥当的。但您所谈到的仅仅是您的主卧和 书房的门相对，这就不是要紧的。这样的 两个房间是不太相冲的！请你从心理上不要有太多的芥蒂！
化解的最好也是最简单的办法就是两门平时不要总是互相对着打开，书房门打开的话，就把 卧室的门关上。因为，人在书房学习的时候，是应该集中精力的，假如我们看到床的话，容易产生瞌睡的感觉 。
第二，如果您还不放心的话，还可以把两门之间放上一盆大叶的绿色植物(不能要 滴水观音)。这样，既可以起到防煞，又可以招财，还可以起到绿化您家庭的作用。仅此，顺祝您及家人平安幸福！