继位

凯霍斯鲁二世是凯库巴德一世（Kayqubad I）及其亚美尼亚裔妻子、基尔·法尔德（Kir Fard）女儿的儿子。虽然凯霍斯鲁二世是长子，凯库巴德一世却选择他与阿尤布王朝公主的另一个儿子伊兹丁为储君。1226年，凯库巴德一世将新并吞的埃尔津詹（Erzincan）交给凯霍斯鲁二世。他和坎亚将军一起参与埃尔祖鲁姆（Erzurum）及阿赫拉特（Ahlat）的征战。

在1236至1237年，蒙古人在格鲁吉亚人的帮助下奔袭安那托利亚郊外地区，直迫锡瓦斯及马拉蒂亚（Malatya）。蒙古骑兵来去如风，难以捉摸。凯库巴德一世转而向格鲁吉亚人报复。当塞尔柱军队靠近时，格鲁吉亚女王鲁苏丹（Rusudan）求和，嫁其女居尔居·哈顿（Gürcü Hatun）予凯霍斯鲁二世，婚礼在1240年举行。

凯库巴德一世在1237年逝世，凯霍斯鲁二世在安那托利亚的诸侯支持下就任为新一任苏丹。赛尔德丁·科佩克（Sa"d al-Din Köpek）是凯霍斯鲁二世统治早期的建筑师，精通狩猎，在凯库巴德一世时是工程大臣。科佩克擅于政治暗杀，以一系列的正法行动来保障他的影响力。1241年，他攻占阿尤布王朝的迪亚巴克尔（Diyarbekir）。

巴巴·伊沙克暴乱

当蒙古人在外威胁塞尔柱时，一个新的威胁在内部出现：一位具领袖气质的传道者巴巴·伊沙克煽动安那托利亚的土库曼人发动叛乱。

游牧的土库曼人在曼齐克特之战（Battle of Manzikert）前迁入安那托利亚。1071年后，人不受控制地迁入该区。他们的数量及具有说服力的宗教领袖，即化的萨满对于转化基督教的安那托利亚有很大的作用。塞尔柱军人花了许多功夫阻止游牧民族入侵及侵袭邻近的基督徒国度，让农民定居。土库曼人被赶到边界的多山及国境地区。

巴巴·伊沙克是一位宗教领袖，不同于其他影响力仅限于小部落的前宗教领袖，巴巴·伊沙克的威信散布到广大的安那托利亚土库曼人。他的传道方法不明，他占用了拉苏尔（教使者）的名号，这名号通常是指穆罕默德，其行事偏离了正统的教。

暴乱首先发生在约1240年托鲁斯山脉东部卡法尔苏德的偏远边境，并迅速向北扩张到阿马西亚地区。马拉蒂亚及阿马西亚的塞尔柱军队被摧毁。塞尔柱的心脏地带，如开塞利（Kayseri）、锡瓦斯、托卡特（Tokat）都被巴巴·伊沙克的支持者控制。巴巴·伊沙克被杀，但土库曼人仍继续对抗塞尔柱政权。暴乱最终在1242年或1243年初克尔谢希尔附近被敉平。外交官西蒙相信塞尔柱得力于苏丹雇用的法国雇佣兵。

克塞山战役

在1242年至1243年的冬季，拜住旗下的蒙古人进犯埃尔祖鲁姆（Erzurum），埃尔祖鲁姆不围自陷。蒙古人准备在春季大举入侵鲁姆。为了应对这次威胁，凯霍斯鲁二世从盟友及附庸里召集士兵。教宗诺森四世的使者西蒙正在前往会见蒙古大汗，他记录了苏丹的备战情况。他指出亚美尼亚国王被请求派出1400名长矛骑兵、希腊的尼西亚帝国被请求派遣400名长矛骑兵。亚美尼亚及希腊的统治者在开塞利会见苏丹商讨详情。特拉布宗帝国的曼努埃尔一世贡献出200名士兵，阿尤布王朝的阿勒颇君主则派遣1000名骑兵支援。凯霍斯鲁二世也动用塞尔柱军队及非常规的土库曼骑兵，纵使军力在早前遭到巴巴·伊沙克暴乱的削弱。

除了考虑与蒙古人结盟（或降服）的亚美尼亚人外，军队集结在锡瓦斯。凯霍斯鲁二世及其盟友沿着前往埃尔祖鲁姆的主干道向东进发，1243年6月26日，联军在埃尔津詹与居米什哈内（Gümüşhane）之间的克塞山山隘遭遇蒙古军。蒙古骑兵的佯败扰乱了联军，联军被击败。苏丹在托卡特带同宝物及后宫逃往安卡拉。蒙古人攻克锡瓦斯、洗劫开塞利，但却不能进犯苏丹国的首都科尼亚。

数个月后，苏丹的维齐尔佩瓦内·穆尔因丁·苏莱曼（Pervâne Mu‘in al-Din Suleyman）找到得胜的蒙古人首领。苏丹已逃走，维齐尔可全权负责。维齐尔先发制人，成功阻止了蒙古人对安那托利亚的进一步破坏，保著了凯霍斯鲁二世的王位。作为附庸及需要输年贡的状态下，凯霍斯鲁二世的权势大为削弱，他重返科尼亚。

遗子

凯霍斯鲁二世逝世后，遗下了11岁的长子伊兹丁·凯考斯（"Izz al-Din Kaykaus）、9岁的次子鲁肯丁·基利杰·阿尔斯兰（Rukn al-Din Kilij Arslan）、7岁的幼子阿拉丁·凯库巴德（"Ala al-Din Kayqubadh）。

凯霍斯鲁二世指定最年幼的凯库巴德为储君，由于他只是一个孩童，维齐尔沙姆斯丁·伊斯法哈尼（Shams al-Din al-Isfahani）于是同时将凯考斯及阿尔斯兰放上王位。这是在蒙古人威胁下稳固塞尔柱对安那托利亚控制的一次尝试。

尽管国力已变弱，塞尔柱在1246年凯霍斯鲁二世逝世时依然能维持完整。蒙古人无力攻占首都科尼亚，安那托利亚避免了侵略者的进一步破坏。对王朝的真正打击是凯霍斯鲁二世不能指定一名胜任的继任者。塞尔柱王子们不能再控制塞尔柱在安那托利亚的势力，权力转移到塞尔柱宫廷管理者手里。

造币

约1240至1243年，一些迪拉姆银币在锡瓦斯及科尼亚铸上凯霍斯鲁二世的名字，硬币上展现狮子及太阳。尽管有图案的硬币在世界并非闻所未闻，但这极为罕见，尤其是在十字军东征之后，因为古兰经一般禁止代表活物的图案。

关于狮子及太阳的图案提供了多个解释，有说这图案代表狮子座，凯霍斯鲁二世宠爱的亚美尼亚裔妻子居尔居·哈顿属于狮子座。另有说法指狮子代表凯霍斯鲁二世，太阳代表居尔居·哈顿。

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