丛林亦称“禅林”，通常指禅宗寺院，后来教、律各宗寺院也有仿照禅林制度而称丛林的。意为僧众和合一处，如树木之丛聚为林;或取喻于草木生长齐整，以示其中有规矩法度可循。禅宗初期，僧众多岩居穴处，或寄住律寺。后来因徒众日多，便往往聚于一处修禅问道。唐代百丈怀海见这种形式不合传统礼法制度，尊卑难分，对说法住持等多有不便，于是折衷大、小乘经律，结合儒家伦理观念，别立禅居，成为丛林的最初形态。

丛林规模开始不大，至唐末五代，随着禅宗在南方地区的繁荣而有所发展。入宋后，丛林建置日趋完备，禅僧也以集中居住为常；在著名禅师住持的丛林，往往聚集着数以百计的僧众。南宋时期，佛教重心继续南移，江南大丛林的僧众常达千人以上(如圆悟克勤所住的江西云居寺、大慧宗杲所住的浙江径山、天童正觉所住的泗州普照寺和明州天童寺、长芦清了所住的真州长芦崇福寺等)。其时，史弥远奏请定江南禅寺等级，“五山十刹”遂成为一个时期内禅僧游方参学的主要场所。

丛林制度，最初只建方丈、法堂、僧堂、寮舍。方丈为住持所居之室(取维摩诘菩萨所住卧室仅一丈见方而容量无限之意)；法堂为演说佛法之所；僧堂即禅堂，系禅僧昼夜参禅行道之处；寮舍置十务(十职)，分司各事。寺院内，住持为一寺之主，以其所秉承的宗派教义传授学人。初期寺院尚无严格的宗派继承问题。唐末以后，由禅宗衣钵相传的习惯所决定，寺院的住持渐有按宗派世代沿袭的标称。元、明以后，天下寺院被分为禅、教、律三类，令各守其业，不得变易，宗派与寺院的关系渐趋固定。

近代丛林，以其住持传承的方式不同，分为“十方”和“子孙”两类。十方住持院属于公请各方著名禅师任住持(通过选举)的禅院，又称“十方丛林”。子孙住持院的住持是一种师资相承的世袭制，又名“甲乙徒弟院”。子孙住持院经本寺禅众同意，可改为十方住持院；十方住持院原则上不许改为子孙住持院。

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