方法

通常，一个独立样本的DNA首先被提取和纯化。纯化后的DNA可以用PCR反应扩增。随后，用限制性核酸内切酶切成“限制性片段”，每种内切酶只能切除可被它识别的特定序列。随后，限制性片段通过琼脂糖凝胶电泳将不同长度的片段分开。得到的凝胶可以通过[DNA分子杂交](Southern blotting)进行强化。

RFLP是第一种被用于作图研究的DNA标记，它们一般有如下特征：1.出于染色体上的位置相对固定；2.同一亲本及其子代相同微点上的多态性片段特征不变；3.同一凝胶电泳可显示不同多态性片段，具有共显性特点。

结果

每个个体的酶切位点之间的距离会有差距，这样限制性片段的长度有区别，不同个体的某个条带的位置也会不同（也就是“多态性”）。这样就能从遗传水平上区分不同个体。RFLP也可以揭示不同个体之间的遗传关系，因为孩子从父母处继承了染色体。这种技术也可以用来判断各个种的生物之间的关系。

T-RFLP

T为terminal缩写，即端点限制性片段长度多态性。如在16S rRNA分析中，利用一个或一对荧光标记的引物进行PCR扩增。随后用高频率的内切酶进行酶切。通过毛细管电泳将切开的片段分离，可检测端部的限制性片段长度。这是快速鉴别菌株或者简单群落的方法。

参见

扩增片段长度多态性

遗传学

扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)

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