定义、例子与命名超价分子的概念最早由杰里米·穆舍尔（JeremyI.Musher）在1969年正式提出，他定义以15族到18族（包括氮族元素、氧族元素、卤素、稀有气体）元素为中心原子，而且中心原子氧化态比最低氧化态低的分子为超价分子。例子以下是一些较为常见的超价分子的例子：有机化学中非常有用的高价碘化合物，例如戴斯－马丁氧化剂（DMP）。一些四配位（硅除外）、五配位、六配位的硅、磷、硫化合物。例如五氯化磷、五氟化磷、六氟化硫、硫烷以及高价硫烷。稀有气体化合物，比如四氟化氙。一些卤素互化物，比如五氟化氯。非经典碳正离子，比如降冰片烷阳离子。一些常见的酸，比如氯酸、磷酸、硫酸等。N-X-L命名超价分子的N-X-L命名法在1960年提出，经常用于区分超价分子中心原子所在主族，N-X-L的含义分别是：N为中心原子的价电子数X为中心原子的元素符号L为中心原子周围的配体数目以下是一些N-X-L命名的例...

历史约翰·道尔顿分子的概念最早是由意大利的阿莫迪欧·阿伏伽德罗提出，他于1811年发表了分子学说，认为：“原子是参加化学反应的最小质点，分子则是在游离状态下单质或化合物能够独立存在的最小质点。分子是由原子组成的，单质分子由相同元素的原子组成，化合物分子由不同元素的原子组成。在化学变化中，不同物质的分子中各种原子进行重新结合。”在阿伏伽德罗之前，化学家约翰·道尔顿在1803年及1811年提出的定比定律及倍比定律，也支持分子学说，因此许多化学家接受分子学说。可是许多逻辑实证主义者及像恩斯特·马赫、路德维希·玻尔兹曼、詹姆斯·麦克斯韦、约西亚·吉布斯等物理学家不接受分子学说，认为分子只是一种方便处理的数学结构，不是实际存在的物质。一直到让·佩兰在布朗运动相关的研究中，才证实了分子学说。特性分子大小大部分的分子无法借由电子显微镜看见，最小的分子是H2，其键长为0.74Å。有机合成中常用到的分子大小

发展史分子演化发源自20世纪初的“比较生物化学”，在1960至70年代成形。蛋白质定序技术的发展让分子生物学家得以用序列比对来进行种系发生的研究，并用同源序列的差异程度建立分子时钟来推估最后共同祖先的存在时间。1960年代末，中性理论的发展让分子时钟有了理论基础，并和主张自然选择是主要演化动力的学者们产生激烈争辩。1970年代，核酸定序的技术让分子演化进一步推展到高度保守的核糖体RNA，让生物学家可以推论早期的生命演化史。早期在分子生物学于1950~1960年代成形之前，透过比较物种间的生化差异来研究演化的可能性只有少数生物学家探究过。艾弗德·史都特方（AlfredSturtevant）在1921年预测到染色体反转，并和费奥多西·多布然斯基在1937年首次在DrosophilaPseudo-obscura果蝇中用染色体反转的数量重建了17个品系的种系发生史。厄尼斯特·鲍德温（ErnestB...

参见生物分子列表生物化学-生物无机化学参考资料^OxfordDictionaryofBiochemistryandMolecularBiology,OxfordUniversityPress,2006,p.76.

与分子质量区别尽管分子量一般指相对分子质量，但是字面上常与分子质量这一概念混淆。分子质量指分子的实际质量，而非比值。国际单位制中的单位为kg，但由于分子质量很小，所以常用道尔顿（Dalton，Da,D）或原子质量单位（amu，u）或阿伏伽德罗常量（6×10）作为原子或分子质量的单位，大分子（如蛋白质）的分子质量通常使用kDa。例如二氧化硫（SO2）的相对分子质量（分子量）为64.06，但分子质量为0.06406（kg/mol）÷阿伏伽德罗常量=1.06374×10kg=64.06Da。测量分子量分子量的测量通过质谱法来进行。将待测样品引入质谱，然后用电子冲撞，使其发生电离，变为正离子碎片，再利用电场或磁场使不同质荷比的离子分离，或是透过过滤的方式，将它们分别聚焦到侦测器而得到质谱图，从而获得质量与浓度（或分压）相关的图谱。通过质谱法还可以得到：样品的相对同位素质量同位素的丰富度有机物构造参...