早期事件

意大利假波丑闻

意大利球坛爆出近年来最轰动的假波案，应届冠军尤文图斯、AC米兰、费伦天拿以及拉素涉嫌安排球证操纵比赛结果。该四间球会被意大利法院及意大利足总作出判决，原定可以参加下届欧联及欧洲足协杯的他们被判禁止参加来届所有欧洲赛事，但AC米兰在7月25日进行的上诉裁决获得减刑，并且得以参加来届欧联第三圈外围赛。

经最后裁决后，欧洲赛参赛资格由以下球队取代：

对希腊足总球会的禁赛令

国际足联基于希腊政府严重干预足球组织运作，因此2006年7月3日开始禁止希腊参加所有国际足球赛事，不过希腊议会就事件批准修订有关体育管理方面的条例后，国际足联于7月12日取消对希腊足协的禁赛令。

外围赛

第一圈外围赛

该阶段赛事于2006年7月13日至7月27日进行。

第二圈外围赛

该阶段赛事于2006年8月10日至8月24日进行。

基于以巴冲突令以色列局势不稳定的安全理由，欧洲足协将“特拉维夫夏普尔 对 当姆萨尼”、“耶路撒冷比达 对 布格勒斯特戴拿模”与“宾尼耶赫达 对 索菲亚火车头”三场赛事分别改于荷兰的蒂尔堡、保加利亚的索菲亚与斯洛伐克的布拉迪斯拉发举行。 以塞尔维亚和黑山球队名义参赛，现在属于塞尔维亚球队。 德利城虽然属于 北爱尔兰球会但参加爱尔兰足球联赛，据爱尔兰足球协会官方纪录指德利城仍可以代表爱尔兰出赛。

第一圈

第一圈共有 80 支队伍参加，双方球队以主客制作赛，胜方的 40 队球队可进入分组赛阶段，赛事于2006年9月14日至9月28日进行。

基于以巴冲突令以色列局势不稳定的安全理由，欧洲足协将海法马卡比对列迪斯洛维治的赛事改于荷兰的奈梅亨举行。不过，欧洲足协在9月15日宣布所有比赛可在特拉维夫地区进行，因此特拉维夫夏普尔主场对祖奴摩勒斯的赛事如常在特拉维夫进行。

由于特拉布宗在第二圈外围赛主场对塞浦路斯球队尼科西亚中发生事故，因此欧洲足协命令特拉布宗主场对奥沙辛拿的比赛需闭门作赛。特拉布宗提出上诉，但在9月13日遭欧洲足协驳回。

分组赛

分组赛阶段将 40 支队伍分为 8 组，每组各有 5 队，每队以单循环赛制作赛，小组成绩最好的首三名一共 24 队连同欧联小组赛第三名的 8 队球队可进入三十二强淘汰赛。

如在小组中两队得同分则顺次序根据以下准则定出胜方：

双方在小组内的对赛成绩较佳的一方；

双方在小组内的总进球较佳的一方；

双方在小组内获得较多作客进球的一方；

根据欧洲足协的“排名系数”最高积分的一方。

A组

B组

C组

D组

E组

F组

G组

H组

淘汰赛

三十二强

8 队欧洲联赛冠军杯分组赛第三名的队伍加入第一圈淘汰赛，共计由欧洲足协杯分组赛阶段晋身的 24 支球队总共有 32 队进行主客两回合比赛，赛事首回合于2007年2月14日及15日进行，而次回合则在2月22日进行。

由于帕尔马与利禾奴的主场馆未能通过意大利政府为防止球迷骚乱在2月7日通过的比沙路条约，因此两队的主场回合需闭门作赛。

欧洲足协于1月19日宣布，飞燕诺由于在最后一场分组赛对南锡的比赛中，发生球迷骚乱而被褫夺欧洲足协杯三十二强参赛资格，并于1月25日宣布热刺在三十二强轮空，直接晋身十六强。

十六强

赛事采取主客两回合淘汰制，赛事首回合于2007年3月8日进行，而次回合则在3月14日及15日进行。

半准决赛

本轮抽签仪式于2007年3月16日在苏格兰格拉斯哥进行，首回合于2007年4月5日进行，次回合则于2007年4月12日进行。八支出线球队没有抽签限制，因此同一个国家或分组赛阶段处于同组的球队将有机会碰头。

准决赛

本轮抽签仪式于2007年3月16日在苏格兰格拉斯哥进行，首回合于2007年4月26日进行，次回合则于2007年5月3日进行。

决赛

决赛于2007年5月16日在苏格兰格拉斯哥咸普顿公园球场举行。

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