关系和命名

种子植物传统被分为包含了被子植物门的被子植物和包含了苏铁门、银杏门、松柏门和买麻藤门的裸子植物两种，但两者都是利用种子来繁衍的。被子植物在现在被认为是演化自裸子植物的，这使得裸子植物若包含进已灭绝的物种时，会变成一个并系群。然而，即使已知不是一个单系群的分类单位了，但“裸子植物”还是依旧被广泛地使用在指被子植物门以外的四种非开花种子植物上。

分子系统发生学反驳了基于形态学所提出来的“现存和已灭绝的裸子植物可以组成一个单系群”的推论。一些形态学上的资料推论说买麻藤门为是被子植物门的旁系群，但分子系统发生学已普遍地显示，包括买麻藤门在内的裸子植物分支会是松柏门的旁系群。

传统的分类将种子植物放在一个门下，并将其下的五个类群放置在纲下，分别为苏铁纲、银杏纲、松柏纲、买麻藤纲和被子植物纲。

除了上述类群之外，化石记录亦显示有许多种已灭绝的种子植物类群。“种子蕨”是陆生植物最早成功的类群之中的其中一种，且以种子蕨为主的森林在古生代晚期时普及在整个世界上。舌羊齿属即为在二叠纪时期间于冈瓦那大陆上最为普遍的树属。到了三叠纪后，种子蕨在生态上的重要性开始下滑，现今的裸子植物类群则开始普及，直到白垩纪结束，开花植物开始散布之时。

现今较多的分类学将这些类群分成单独的门（有时在“裸子植物总门”下）：

松柏门Pinophyta

苏铁门Cycadophyta

银杏门Ginkgophyta

买麻藤门Gnetophyta

被子植物门Magnoliophyta

参考文献

Bowe, L. Michelle, Gwénaële Coat, and Claude W. dePamphilis. 2000.Phylogeny of seed plants based on all three genomic compartments: Extant gymnosperms are monophyletic and Gnetales" closest relatives are conifers. Proceedings of the National Academy of Sciences 97: 4092-4097.

Soltis, Douglas E., Pamela S. Soltis and Michael J. Zanis. 2002. Phylogeny of seed plants based on evidence from eight genes. American Journal of Botany 89: 1670-1681 (abstracthere).

Chaw, Shu-Miaw, Christopher L. Parkinson, Yuchang Cheng, Thomas M. Vincent, and Jeffrey D. Palmer. 2000. Seed plant phylogeny inferred from all three plant genomes: Monophyly of extant gymnosperms and origin of Gnetales from conifers. Proceedings of the National Academy of Sciences 97: 4086-4091 (abstracthere).

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