分类

大多数人类所感兴趣的次级代谢产物被放入基于其生物合成来源分类的分类。因为次级代谢产物常由被修饰的初级代谢产物合酶生产出来，或来源于从初级代谢产物上“借来”的底物，这些分类方法不应该被解读为：分类中的所有分子都是次级代谢产物（例如甾体化合物类），相反地，只是说这些次级代谢产物存在于这些分类中。

小“小分子”

生物碱 （通常是小分子，主要衍生于氨基酸）：

萜类化合物 （源自半萜的低聚物）：

糖苷 （主要衍生于糖类分子）：

天然酚 ：

吩嗪 ：

较大“小分子”，由较大且模块化的“分子工厂”生产出来

聚酮 ：

脂肪酸合酶产品 ：

非核糖体多肽 ：

以上三种的混合体 ：

多酚

非“小分子”，脱氧核糖核酸、核糖核酸或多糖类“经典”生物聚合物

核糖体多肽 ：

另见

次级代谢

毛状根培养，用于植物组织培养的策略以生产出高工程量的高附加值次级代谢产物

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