支持理由

有机食品的支持者认为转基因、人造肥料、农药生产加工方式可能对人体或环境造成伤害，诉求天然的健康饮食，要求不破坏自然环境，注重生态，以达成人与自然的共生永续。

反对理由

有研究认为有机食物没有比较健康，同时产量低又排挤一般食品的生产，对供给需求有负面影响，此外亦难以辨别真伪。

 中华人民共和国

区别：有机食品、绿色食品、无公害食品

有机食品是有机产品的一类，有机产品还包括棉、麻、竹、服装、化妆品、饲料（有机标准包括动物饲料）等"非食品"。中国有机产品主要是包括粮食、蔬菜、水果、畜禽产品（包括乳蛋肉及相关加工制品）、水产品及调料等。

绿色食品是指产自优良生态环境、按照绿色食品标准生产、实行全程质量控制并获得绿色食品标志使用权的安全、优质食用农产品及相关产品。绿色食品认证依据的是农业部绿色食品行业标准。绿色食品在生产过程中允许使用农药和化肥，但对用量和残留量的规定通常比无公害标准要严格。

无公害农产品是指产地环境、生产过程和产品质量符合国家有关标准和规范的要求，经认证合格获得认证证书并允许使用无公害农产品标志的未经加工或者初加工的食用农产品。无公害农产品生产过程中允许使用农药和化肥，但不能使用国家禁止使用的高毒、高残留农药。

广义的有机定义是不论天然或人工加工合成的碳氢化合物，都可称为有机化合物或有机质；因此，该类碳氢化合物又称有机化合物，只要不对人类、动植物、生态造成危害、毒害、致癌、致畸形等都可称为广义的【良性有机化合物】，农作物利用良性有机化合物作为肥料或农药栽培管理，包括天然有机肥、即使是人工合成化肥、无毒农药杀菌剂、杀虫剂只要没有上述危害，都应能定义为有机栽培，生产有机农产品食品。

生产有机食品的问题

虽然说种植的地点本身没有使用农药、化肥，但是却会遭到附近农田等的农药及化肥污染，有时候土壤的污染残留就是问题。

虽然说没有使用农药及化肥，也没有遭到污染，但是该作物本身的代谢物会造成检验的假阳性反应。

所谓的有机肥料可能含有化肥，但是如果含量很低，其实所生产的“假有机作物”和真的有机作物一样环保、健康。

有机工法尚未成熟，所以有机作物无法抵挡多样的作物病害与天然灾害。

有机作物因为刻意不使用人造化肥与农药，却仍需抵抗病害与灾害，成本往往更高，产量却常常更低。

检验体制尚未健全，许多不肖业者以平价的非有机作物，作为高价位有机作物出售，牟取不法暴利。

 欧盟

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