非编码区／未翻译区

在RNA 起始密码子 （ 英语 ： Start codon ） 之前，与终止密码子（stop codon）之后，各有一段非编码区，各被称作5"UTR与3"UTR，（5"与3"非编码区，因为DNA与RNA分子都是由5"端到3"端，也就是说这些区域是在RNA分子的两端）是属于不翻译出蛋白质的序列。然而，这些区域的重要性在于它们的序列有可能借由这些区域与不同的RNA结合蛋白（RNA-binding protein）结合，进而改变在细胞中的位置、决定mRNA的稳定性／半生期，以及对细胞受到刺激时的反应而生的翻译调控。这些都是与细胞调控本身的活性有关。

在UTRs上的某些蛋白质复合物不仅能影响RNA的稳定度，也能促进翻译效率或是抑制翻译，这多是依据位在UTRs上的序列而定。有些在UTR上的基因遗传的变异也会造成上述的RNA稳定度或是翻译效率的改变。

一些包含在UTRs的功能性序列，常能形成一些有特性的二级结构，这些造成二级结构也牵扯到调节mRNA本身。某些序列， 像是SECIS,是蛋白质结合区 。 其中一类的mRNA元素，riboswitches，能直接结合上小分子，改变了mRNA自身的折叠结构，也影响了转录或是翻译作用 。另外， 有些mRNA的3"UTR含有AU-rich elemnet（ARE），能影响到mRNA的半生期 。换句话说，mRNA分子可以进行自我调控。

mRNA密码子与氨基酸的对应

反义RNA（anti-sense RNA）

在许多真核生物中，当反义RNA上的碱基与基因的某段mRNA互补时，反义RNA可以抑制翻译。反义RNA存在于细胞中之时，其互补的基因就不会合成蛋白质。这也许是一种对抗逆转录转座子或病毒复制的一种机制（retrotransposons是以双股RNA作中介状态的转座子），因为这两者都能使用双链RNA当中介物。在生物化学的研究中，借由使用一段反义mRNA使得标靶mRNA无法作用（RNA干扰），这种方法已经被广泛用于研究基因的功能；例如利用RNA干扰技术，秀丽隐杆线虫中所有基因的作用几乎已经被研究完了。

参见

RNA干扰（RNAi）

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