家庭

二条天皇第二皇子，生母为下级贵族伊岐致远的女儿（名不详）。因生母出身不显，二条天皇皇后、藤原氏贵族藤原育子以养母身份抚育天皇并行母后职责。

天皇早逝，无后妃儿女。

践祚

永万元年（1165年）二条天皇病重，于六月二十五日（8月3日）册立尚在襁褓的顺仁（六条天皇）为亲王，立为太子，并于当日禅让，七月二十七日（9月4日）举行六条天皇践祚仪式，翌日二条天皇驾崩。

六条天皇受禅时出生仅7个月零11日，是日本最年幼的天皇。践祚仪式一度因天皇哭泣而中断，由乳母（藤原公长女、藤原邦纲母，名不详）为其哺乳并由藤原育子怀抱天皇登御座才使仪式进行下去。

政治

二条天皇在位期间，曾因亲政问题与后白河上皇产生矛盾，贵族中亦产生支持后白河上皇的院政派与支持二条天皇的亲政派。虽二条天皇终得以逼退后白河上皇院政影响，但却形成与后白河上皇对立的局面。二条天皇驾崩后，后白河上皇仍健在，亲政派转而支持六条天皇继续与院政派对抗。

六条天皇甫即位，亲政派人物关白大臣藤原氏贵族领袖近卫基実（藤原育子族兄）转而出任摂政大臣，加之藤原育子与亲政派合作，总体上朝廷仍然是亲政派主政局面，但因天皇年幼政局不安定导致后白河上皇政治影响开始回复。

永万元年十一月十六日（1165年12月25日）后白河上皇册立其宠爱的第七子宪仁（二条天皇异母弟、平清盛的女婿，即后来高仓天皇）为亲王。按当时原则，嫡出皇子方可册立为亲王，后白河上皇此举意在使庶出的宪仁拥有皇位继承权。

永万二年七月廿六日（1166年8月23日），亲政派核心人物摂政大臣藤原氏领袖近卫基実暴病身亡，其嫡子近卫基通年幼无法袭承父职。翌日，在后白河上皇势力的支持下，松殿基房就任新任摂政和藤原氏领袖。永万二年十一月十一日（1166年12月5日），朝廷职位大幅变更：院政派势力开始凌驾亲政派之上。迫于形势，近卫基実之后亲政派当轴人物藤原経宗向后白河上皇表示恭顺的姿态并结交院政派人物，至此亲政派日趋瓦解。

禅让

仁安三年二月廿九日（1168年3月30日），在祖父后白河上皇的主导下，六条天皇禅让于叔父宪仁亲王，被尊为六条上皇，其时年仅3岁零3个月，为日本最年幼的上皇。

驾崩

安元二年七月十七日（1176年8月23日），六条上皇驾崩，年仅11岁零8个月。死因据说是罹患痢疾。葬于京都清闲寺陵。

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