历史遗传学的奠基者格里哥·孟德尔虽然遗传科学开始于格里哥·孟德尔在19世纪中期的工作（包括实验和理论），但其他一些关于遗传的理论研究则早于孟德尔。在孟德尔时期，一种比较流行的理论——“混合遗传”（blendinginheritance）提出：个体的遗传特征是来自于其父母的特征的混合平均值。孟德尔的工作则否定了这一理论，他的结果显示遗传特征是由不同基因综合表现的结果而不是连续的混合。当时的另一种得到人们支持的理论——“用进废退说”（又称为“获得性遗传”）提出生物经常使用的器官逐渐发达，不使用的器官逐渐退化，并且这种后天获得的性状是可以遗传的。这一由拉马克所提出的理论后来被证明是错误的，因为通常个体的经历并不影响它们的基因，也就不会遗传给下一代。（注：但近年来对于表观遗传现象的研究发现，由于不同的经历而引起的不同的性状在一些情况下是可以被遗传的，虽然这些发现并不能证明拉马克的理论。）古典遗传学...

历史约翰·道尔顿分子的概念最早是由意大利的阿莫迪欧·阿伏伽德罗提出，他于1811年发表了分子学说，认为：“原子是参加化学反应的最小质点，分子则是在游离状态下单质或化合物能够独立存在的最小质点。分子是由原子组成的，单质分子由相同元素的原子组成，化合物分子由不同元素的原子组成。在化学变化中，不同物质的分子中各种原子进行重新结合。”在阿伏伽德罗之前，化学家约翰·道尔顿在1803年及1811年提出的定比定律及倍比定律，也支持分子学说，因此许多化学家接受分子学说。可是许多逻辑实证主义者及像恩斯特·马赫、路德维希·玻尔兹曼、詹姆斯·麦克斯韦、约西亚·吉布斯等物理学家不接受分子学说，认为分子只是一种方便处理的数学结构，不是实际存在的物质。一直到让·佩兰在布朗运动相关的研究中，才证实了分子学说。特性分子大小大部分的分子无法借由电子显微镜看见，最小的分子是H2，其键长为0.74Å。有机合成中常用到的分子大小

发展史分子演化发源自20世纪初的“比较生物化学”，在1960至70年代成形。蛋白质定序技术的发展让分子生物学家得以用序列比对来进行种系发生的研究，并用同源序列的差异程度建立分子时钟来推估最后共同祖先的存在时间。1960年代末，中性理论的发展让分子时钟有了理论基础，并和主张自然选择是主要演化动力的学者们产生激烈争辩。1970年代，核酸定序的技术让分子演化进一步推展到高度保守的核糖体RNA，让生物学家可以推论早期的生命演化史。早期在分子生物学于1950~1960年代成形之前，透过比较物种间的生化差异来研究演化的可能性只有少数生物学家探究过。艾弗德·史都特方（AlfredSturtevant）在1921年预测到染色体反转，并和费奥多西·多布然斯基在1937年首次在DrosophilaPseudo-obscura果蝇中用染色体反转的数量重建了17个品系的种系发生史。厄尼斯特·鲍德温（ErnestB...

相关条目超分子化学分子自组装（英语：Molecularself-assembly）超分子组装高分子

参见生物分子列表生物化学-生物无机化学参考资料^OxfordDictionaryofBiochemistryandMolecularBiology,OxfordUniversityPress,2006,p.76.