主要情节

哈利·波特的三年级暑假，发生了两件令哈利既忧且怒的事件：小天狼星布莱克逃狱和德思礼姨丈的姐姐玛姬到访。

哈利·波特逃出德思礼家

在1993年7月31日午夜，哈利·波特收到了从朋友（罗恩、赫敏和海格）送来的生日礼物，罗恩更寄来剪报和一个袖珍窥镜，表示其父亲（亚瑟·韦斯莱）抽到《预言家日报》700加隆的奖品，全家到了埃及旅行（以探望在埃及古灵阁工作的比尔·韦斯莱），赫敏送来一箱“飞天扫帚保养工具箱”（这箱子太重，哈利原本以为赫敏送来的一定是一本写满超难符咒的巨书），海格则送上一本会咬人的书 - 怪兽的怪兽书（信上表示会派上用场，哈利用皮带把它捆住）。之后收到霍格沃茨寄来的信，里面夹有一张同意学生前住霍格莫德的同意书。

第2天，麻瓜新闻报导有逃犯逃脱（小天狼星布莱克），并带有一枝枪。弗农姨父其后表示玛姬·德思礼（弗农的姐姐，每次到访都令哈利留下深刻的恐怖回忆）会到德思礼家到访一个星期，弗农姨父要求哈利不要露出任何巫师的行为，并表示哈利进了圣布鲁特少年惯犯监。

玛姬姨妈到后，一个星期都没有什么异样，哈利一直以同意书签名作忍耐和回想飞天扫帚保养工具箱里的说明书作分散注意力（玛姫以其呆样批评其智商过低），可是在最后一天晚上，玛姬姨妈因碰触到哈利的底线（玛姬侮辱詹姆和莉莉）而被哈利用魔法（失去控制力）变成一个大气球，往天花板浮去，哈利亦因愤怒而离开了德思礼家。

返校与邂逅莱姆斯·卢平

在骑士公车（Knight Bus）的帮助（哈利在途中得知原来小天狼星是谋杀了13个人的黑巫师，也是伏地魔的支持者）和福吉（魔法部长）的宽容下，哈利成功返回霍格沃茨读书（修读3年级课程，也从书单得知了原来怪兽书是指定用书之一），在破斧酒吧中撞见了罗恩和赫敏，赫敏买了一只猫，差点把罗恩的老鼠班班吃掉（班班从埃及回英国后一直病）。

在破釜酒吧中，哈利意外听见莫丽（罗恩的母亲）和亚瑟在会客室大吵大闹，原因是亚瑟希望把布莱克逃狱的真相告诉哈利（原来布莱克逃狱是为了追杀哈利）。

第2天（9月1日），哈利在9¾月台登上霍格沃茨特快车前，向亚瑟透露自己已知道了自己正被布莱克追杀，亚瑟要求哈利发誓“不论发生任何事”，都不会去“找”布莱克。

扫帚损毁

在魁地奇比赛中，摄魂怪突然出现，想吸取哈利的灵魂，哈利因此从扫帚上跌落了下来，邓布利多使出了咒语，让哈利缓缓地掉到地上，才没有造成太大的伤害，同时亦出手击退摄魂怪；而当哈利从床上醒来时，罗恩和赫敏告诉哈利，他的光轮两千撞到了打人柳，被发现时已断成了好几十个碎片，已经不能再使用，使哈利伤心不已。(虽然不能再骑，但哈利还是把它收藏起来，放在行李箱的角落)

“火弩箭”风波

哈利在“光轮两千”被破坏后不久，就收到一份特别的礼物：“火弩箭”。但由于麦格教授担心“火弩箭”已经被小天狼星下毒咒，因此把它没收，并进行检查，令哈利的情绪再次跌至谷底。在魁地奇球赛前，麦格教授突然归还“火弩箭”给哈利，表示“火弩箭”已经检查完毕，请他放心使用。电影版则到了结局，因为哈利和小天狼星布莱克的误会已经重修旧好后才收到火弩箭，于是就没有了检查的事了。

真相

其实小矮星彼得（化身为罗恩的老鼠班班）才是幕后凶手，他是伏地魔的部下，由于出于恐惧，才出卖了詹姆·波特和莉莉·伊万丝，而小天狼星布莱克是他们原来的守密人，是他劝詹姆和莉莉将守密人改成小矮星。他原本想要通知他们，但到了现场已经来不及了，当时，他看见了小矮星彼得，知道他是杀死詹姆·波特和莉莉·波特的凶手，便想杀死他，但小矮星彼得化身一只老鼠逃走了，小天狼星因情绪激动，太过伤心，而在原地仰头大笑，再加上他很多天没整理自己了，因此从外表看上去很像杀人犯，所以大家才会误会。（所以小天狼星在阿兹卡班所说的"他在霍格沃茨......"是指小矮星彼得，而小天狼星知道的原因是因为他从报纸上看到罗恩·韦斯莱肩上的那只老鼠（特征是那只老鼠的手上断了一只指头））后来他们想要抓小矮星彼得回学校，但就在莱姆斯·卢平准备变身狼人时，一不注意，小矮星彼得便变成老鼠趁机逃走了。当哈利醒来时，发现他躺在病床上，而老师们和魔法部部长已将小天狼星布莱克关进牢里，小矮星彼得此时早已逍遥法外了。

协助小天狼星逃走

哈利和赫敏在小天狼星给魔法部捉捕后，决定使用时间转换器回到过去（罗恩因受伤无法同行），他们回到三小时前鹰头马身有翼兽还没有被斩首的时候，他们拯救了鹰头马身有翼兽，然后过了一小时，哈利和赫敏看到了另一个哈利和小天狼星正在试图击退摄魂怪。哈利用守护神咒把摄魂怪打跑，后来哈利和赫敏骑上鹰头马身有翼兽赶紧飞往阿兹卡班救出小天狼星，最后小天狼星陪同鹰头马身有翼兽离开隐居到某一个地方去了。

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