分类

历史上，许多囊泡藻界生物被认为是植物，因为它们具有细胞壁，具有光能合成的能力，很多情况下其形态类似于陆生植物. 但是当“五界说”（动物界、植物界、真菌界、原生生物界、原核生物界）流行起来之后，大多数囊泡藻类的生物都被分入原生生物界，水霉(water mold) 与网粘菌 (labyrinthulids, or slime nets)被列入了真菌界，褐藻仍保持在植物界。

2005年, 作为原生生物学的当时共识，囊泡藻界被列为真核生物的六个界之一 。不过尚未正式定为界层级。含以下四大分类群：

定鞭藻门(Haptophyta)

隐藻门(Cryptophyta)

不等鞭毛门(Heterokontophyta或Stramenopiles)

囊泡虫总门(Alveolata)

某些群体，例如纤毛虫与水霉, 已经丧失了光能合成能力，但囊泡藻界生物大多数是自养. 所有能光能合成的囊泡藻界生物使用叶绿素a 与 c, 许多还使用辅助色素. 囊泡藻界生物使用类似的甘油醛-3-磷酸去氢酶蛋白质 。

早在2005年，就有研究质疑囊泡藻界是否是单系群 . 2006年，有评论论文认为真核生物六界系统中缺少很多证据 。 截至2012年，看来正在形成共识，把囊泡藻界分为两个类别。其中之一包括不等鞭毛门和囊泡虫总门，并把有孔虫界也列入，称之为SAR总群; 另一个类别包括了隐藻门与定鞭藻门 。 新近的研究把隐藻门与定鞭藻门分开，认为前者是SAR总群的姐妹群，后者应归入泛植物界 。

大量的名称用于囊泡藻界内部各类别的组合：

Halvaria . 2007年到2008年的研究表明，不等鞭毛门和囊泡虫总门关系密切，因此把二者所在的进化支称为Halvaria.

SAR总群 (SAR supergroup). 多孔虫界最初是与囊泡藻界并列。后来的研究表明多孔虫界应该与不等鞭毛门和囊泡虫总门有共同的起源。因此，多孔虫界加上Halvaria，称作SAR总群.

Hacrobia . 囊泡藻界中的另外两个类别,隐藻门与定鞭藻门, 在某些分析中被认为是相近的 ，形成了一个进化支被称为Hacrobia. Hacrobia看来更接近泛植物界 。更早的时候,汤玛斯·卡弗利尔-史密斯就已经建议把泛植物界与囊泡藻界合称为Corticata。如前述，新近的研究把隐藻门与定鞭藻门分开，认为前者是SAR总群的姐妹群，后者应归入泛植物界 .

形态

囊泡藻界没有非常普遍的共同形态特征。但其每个主要子类别都有独特的特征, 例如，囊泡虫总门具有的囊泡(alveoli), 定鞭藻门具有的附着鞭毛(haptonema), 隐藻门具有的喷射体(ejectisome)，不等鞭毛门具有的两根不等长的鞭毛。但是这些特征都没有在囊泡藻界中普遍出现。

仅有的囊泡藻界的共同特征有:

有共同起源的色素体

大多数细胞壁都含有纤维素

对于这样的非常多样性的界，很难总结出其共同特性。

生态地位

感染了卵菌纲的致病疫霉(Phytophthora infestans)的马铃薯.

许多囊泡藻界生物对生态系统有巨大的影响，往往是有害的影响。腰鞭毛虫门产生的赤潮会导致鱼类大量死亡，危害牡蛎的收获。顶复门是很多很成功的动物寄生虫.卵菌纲的水霉会造成严重的植物病害. 实际上正是致病疫霉(Phytophthora infestans)引起了1845年-1852年的爱尔兰大饥荒.

加利福尼亚的海藻丛.

但是，囊泡藻界的很多物种在生态系统中发挥了重要作用。硅藻是地球上重要的光合作用生物。褐藻产生了大量水下"森林"为海洋生物提供了栖息地与膳食。

囊泡藻界还提供了许多直接供人类使用的产品。褐藻胶用做食品增稠剂，在冰淇淋中常见。硅藻的硅质外壳有很多用处，如硅藻土用于过滤，用来做牙膏、做反光油漆。

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