进化关系

现代真核生物分类

与其他界别的关系

有孔虫界为双鞭毛生物分支的一部分，亦包含泛植物（Archaeplastida）、囊泡藻（Chromalveolata）、古虫界（Excavata）与及其他较小、未分类的组别例如 无根虫门 （ 英语 ： Apusozoa ） （Apusozoa）及 Centrohelid 。和其他双鞭毛生物相同，她们均源自拥有两个鞭毛的真核异养生物（heterotrophic）。亦有想法认为有孔虫界与古虫界有与其他组别相比，在分支称为（Cabozoa）中有较深的关系。

历史上其分类的演化

历史上很多有孔虫界的生物因为其机动性及异养性而被认为是动物。但自从 五界系统 （Five-kingdom system）替代动植物生物的二分法（dichotomy）成为主流后，有孔虫界被当为原生生物界。接着，卡尔·乌斯（Carl Woese）刊出其三域系统。因为无核生物界（或称为原核界，Monera）是并系群，分类学者把注意力转移在真核生物领域及原生生物（Protista）的固有并系群上。经过大量讨论后，现在讨论仍然持续，有孔虫界被归类为有效的单系群分类。

参考资料

Cavalier-Smith, Thomas.The phagotrophic origin of eukaryotes and phylogenetic classification of Protozoa. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2002, 52 (2): 297–354 [ 2007-06-08 ] . ISSN 1466-5026 .

Nikolaev, Sergey I.; Cédric Berney, José F. Fahrni, Ignacio Bolivar, Stephane Polet, Alexander P. Mylnikov, Vladimir V. Aleshin, Nikolai B. Petrov, and Jan Pawlowski.The twilight of the Heliozoa and rise of the Rhizaria, an emerging supergroup of amoeboid eukaryotes.美国国家科学院院刊. 2004, 101 (21): 8066–8071 [ 2007-06-08 ] . ISSN 0027-8424 .

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