系统发生树
树的种类系统发生树根肌球蛋白的无根树树可分为有根树和无根树两类。有根树是具有方向的树，包含唯一的节点，将其作为树中所有物种的最近共同祖先。右图即是一个有根树，表示了三域系统(Woese1998)。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太近以至于和树中的种类相混。把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。树的算法矩阵法近邻结合法neighbor-joining(NJ)简约法最大简约法maximumparsimony(MP)最大似然法最大似然估计maximumlikelihood(ML)后验概率法贝叶斯法Bayesian相关软件Phylip软件软件列表PAUP*TreeViewPhyl...
树的种类
系统发生树
根
肌球蛋白的无根树
树可分为有根树和无根树两类。有根树是具有方向的树，包含唯一的节点，将其作为树中所有物种的最近共同祖先。右图即是一个有根树，表示了三域系统(Woese 1998)。最常用的确定树根的方法是使用一个或多个无可争议的同源物种作为外群（英文outgroup），这个外群要足够近，以提供足够的信息，但又不能太近以至于和树中的种类相混。
把有根树去掉根即成为无根树。一棵无根树在没有其他信息（外群）或假设（如假设最大枝长为根）时不能确定其树根。无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。
树的算法
矩阵法
近邻结合法neighbor-joining (NJ)
简约法
最大简约法maximum parsimony (MP)
最大似然法
最大似然估计maximum likelihood (ML)
后验概率法
贝叶斯法 Bayesian
相关软件
Phylip
软件
软件列表
PAUP*
TreeView
Phylowin
fastDNAml
SEMPHY
PALM
参见
进化论
生物分类总表
树 (数据结构)
en:Tree of life (biology),en:David Hillis" Hillis Plot (image)
分类学
系统发生学(phylogenetics)
系统发生网络(phylogenetic network)
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