后三年之役

清原武贞死后，长兄清原真衡（日语：清原真衡）继任。但是其后真衡因与在前九年之役获有大功的长老吉彦秀武（日语：吉彥秀武）发生龃龉，与其弟清衡及幼弟家衡（日语：清原家衡）(清衡的异父弟)开战，真衡在妻舅源义家的帮助下打败二人，却在进军出羽的路上急病猝死。真衡死后，源义家将其所领的奥六郡平分给清衡与家衡－清衡得了和贺郡、江刺郡及胆泽郡；家衡得了岩手郡、紫波郡及稗贯郡（日语：稗貫郡）。但家衡对此分配不满，于应德3年（1086年）出兵偷袭清衡居所，清衡仅以身免，其他家人全遭杀害。清衡得到源义家帮助对抗家衡，一度在沼栅（秋田县横手市雄物川町沼馆）吃了一次败仗。家衡听从叔父清原武衡（日语：清原武衡）之言将据点移至难攻不落的金泽栅（日语：金沢柵）（横手市金泽中野），而义家听从吉彦秀武之言改打兵粮战，包围金泽栅直到对方兵粮耗尽。家衡及武衡因无粮食而放火烧金泽栅欲逃走，后来都被抓住并斩首。战后，清源清衡统治陆奥地方，也改名回藤原清衡成为奥洲藤原氏之开创者。

任押领使

藤原清衡其后利用奥州一带的特产黄金和名马贿赂摄关家的藤原师实，建立奥、羽地区的统治者地位，在宽治3年(1089年)，成为陆奥押领使（日语：押領使），领有奥六郡。

经营平泉

嘉保年间（1094年至1095年），藤原清衡迁居岩井郡平泉，开始建设城市中心与政治文化。嘉承2年（1108年），清衡在平泉兴建宏伟的中尊寺，为奥州藤原氏四代100年的辉煌奠基。

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