早年

法那巴佐斯是波斯赫勒斯滂弗里吉亚总督阿尔塔巴左斯之子。在前358年其父亲和其他总督发动对阿尔塔薛西斯三世的叛变，但阿尔塔巴左斯的势力终究被国王军击败，于是阿尔塔巴左斯和法那巴佐斯等人逃到马其顿王国，投靠腓力二世，并在马其顿结识了少年的亚历山大。与法那巴佐斯一同逃到马其顿避难的一行人中，还包括与法那巴佐斯有姻亲关系的门农。

法那巴佐斯等人之后因门农的兄长门托耳向阿尔塔薛西斯三世求情，最后得以返回波斯帝国。

与亚历山大对抗

当马其顿的亚历山大大帝继承其父亲腓力二世的遗志，开始朝亚洲进军，并在格拉尼库斯河战役和哈利卡那索斯围城战击败波斯的军队。为此，法那巴佐斯辅佐已是妹婿的门农统领波斯海军，并且计划夺取爱琴海诸岛来迫使希腊诸城邦倒向波斯这一方，也威胁亚历山大的补给线。门农和法那巴佐斯率领波斯舰队成功夺下希俄斯岛，接着又前往莱斯博斯岛进攻，这时岛上仅剩米蒂利尼尚未落入波斯军手中，而雅典的反马其顿派政治家狄摩西尼也开始鼓吹雅典与其他城邦反叛，这时斯巴达国王亚基斯三世也正在筹备与马其顿的战争。然而门农在围攻米蒂利尼时病逝，并把舰队统帅权暂时交给法那巴佐斯。

在奥托夫拉达提斯的协助下，法那巴佐斯攻占了米蒂利尼和忒涅多斯岛，掌控赫勒斯滂。法那巴佐斯更在靠近哈利卡那索斯处建造要塞，使亚历山大的补给线更加岌岌可危，法那巴佐斯还攻占了萨莫色雷斯岛、锡弗诺斯岛和安德罗斯，并且截击亚历山大的补给船。

在前333年当斯巴达国王亚基斯三世与法那巴佐斯在锡弗诺斯岛协商以及对抗希腊本土马其顿势力的事务时，传来波斯国王大流士三世在伊苏斯战役战败的消息，法那巴佐斯立即打消入侵伯罗奔尼撒的计划，并且回到希俄斯岛镇住反叛的希腊人。当亚历山大转向进攻腓尼基诸城，使腓尼基和塞浦路斯的舰队支持亚历山大，法那巴佐斯更加孤立无援。随着亚历山大声势越加浩大，法那巴佐斯治下的爱琴海诸岛纷纷反叛，当地希腊人并引进马其顿军队，于希俄斯岛俘虏法那巴佐斯，但法那巴佐斯在关押期间偷偷逃走。

后期

关于法那巴佐斯逃亡后的那段时期没有相关记录，但最终法那巴佐斯至少在前324年前投降亚历山大大帝，在那一年亚历山大在苏萨举办集体婚礼，并把法那巴佐斯的两个姊妹分别许配给欧迈尼斯和托勒密。当亚历山大逝世后，爆发继业者战争，法那巴佐斯加入欧迈尼斯一方，并在前321年欧迈尼斯与克拉特鲁斯、涅俄普托勒摩斯作战时，法那巴佐斯受命率领一支骑兵分队，并在那战役中欧迈尼斯获得胜利。

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