成书

根据《真诰叙录》和李渤《真系传》，《上清经》乃晋哀帝兴宁(364-370年)年间，由“紫虚元君上真司命南岳魏夫人”降授，由杨羲用隶字写出，以传许谧、许翙，翙传其子黄民（按《真诰》记载，传至此时王灵期见葛巢甫造构灵宝，风教大行，而造作一批新的上清经）。黄民以传马朗及朗弟马罕。宋明帝时，殳季真就马家得之，明帝恩弘道教，于太始三年(467年)筑崇虚馆供养陆修静，遂以殳季真所得的《上清经》与陆。

陆又兼得《灵宝经》、《三皇文》，遂总括《三洞》。后又以之授与齐兴世馆主孙游岳，游岳以授粱陶弘景。陶氏搜摭杨、许遗经，较为完备，在南齐顾欢的基础上，编撰《真诰》一书，对上清经的源流和传授历史作了较为系统的叙述，成为上清一脉的著名代表。

有别于道教弘法单线传承的记述，道教史研究者指出上清经可能的发展和多元统合过程。小南一郎指出上清“内传”的特殊性质，并提出从诸真传记了解茅山降经（364-370年）之前上清经派的看法。艾克曼（Schawn Eichman）运用现存《八素真经》“三真之道”与“太上之道”的分析，展示了杨、许之后《上清经》整合与革新的过程，艾克曼并将此“三真之道”与后来的“三奇”、“三洞”比较，说明在东晋末乃至南朝初多个整合《上清经》的不同取径。

出世传说

据《云笈七签·上清源统经目注序》，上清经起于九天之王“九玄道君”，命“东华青宫”撰定灵篇，集为宝经。汉平帝元始二年九月，西城真人以《上清经》三十一卷，于阳洛之山授王褒，褒以晋成帝之时于汲郡修武县授魏华存。华存以咸和九年又传杨羲。杨君师事南岳夫人，受《上清大洞真经》三十一卷。按《云笈七签》卷四《上清经述》：暘谷神王又别授夫人《黄庭内景经》，正一真人张君又别授治精制鬼法，夫人前后所授，非但此三十一卷而已。……此乃《上清经》从此而行世也。

篇目

《奉道科戒营始》卷五所列“上清大洞真经目”和《太真玉帝四极明科经》卷三经目，被认为是最接近魏华存所传“三十一卷”真经的内容。这一经群系统可能为王灵期所树立和提出，其时间则在405年至435年之间。陆修静所上〈三洞经书目录〉称有一百八十六卷《上清经》。

《神州七转七变舞天经》则称：

思想

上清教法的传播建立在末世与救度思想之上。东晋中期，来自上清天的真人预言世界将因大规模灾难而毁灭。金阙后圣帝君受命检选“种民”协助祂消灭恶炁—“六天故炁”，以便在壬辰年(392)迎接充满正炁的新世界。为了充实救劫仙班的人数，后圣帝君遣二十四位教师下世，蒐寻学仙之人。位列这二十四位教师之中的王褒，便是魏华存之师，而后者更是通过杨羲传授句容许家（尤其是许谧与许翙）《上清经》的主要仙真。

上清经的另一个特色为“存思”之术，涉及胞胎解结、隐沦变化、游历四极、飞奔日月、步蹑星斗、三元真一等方法。主要有吸食五方天气及日月星精气的五芽食气法、食日月星精气法；以及以存思内神为主的守三一，守雄一雌一及守帝一等法门。但最重要的修行法门是以人身内神为主的存思法门，其特色在借由存思人体身内的神祇名讳形貌，配合诵念经文、咒语及佩符箓、叩齿、咽津等仪法，来修真治病。

影响

上清经与天师道有密切的关系，甚至有些便是天师道的信徒。如被尊为上清第一代太师的魏华存，即曾任天师道祭酒。陶弘景《登真隐诀》卷下戴：“正一真人三天法师张讳告南岳夫人口诀。”原注说；“云以夫人在世尝为祭酒故也。”丹阳许氏，也本是天师道世家。许谧之兄许迈，即著名的天师道徒，与“世事张氏五斗米道”的王羲之交往甚密，叉曾师事天师道祭酒李东。这些，都表明早期上清派的主要人物均与天师道有联系。

上清文献保留了许多早期天师道的重要史料，《登真隐诀》收录了天师道“上章”与“朝静”仪式的文本“千二百官章仪”与“汉中入治朝静法”。许家上“冢讼章”记述“上章”的细节与文化脉络，上清文献对黄赤教法的批评，也证实了天师道援用房中术以为教法的事实。另外，同样位于句容地区，与“许家”长期处于姻亲关系的“葛家”，其所发展而成的灵宝经与上清经之间存有密切关系，两者在思想、观念、语汇等方面都有相互交涉的情形。

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