自然系统
历史
1735年，林奈在寓居荷兰期间初版了第一部《自然系统》 。按照当时科学文献出版惯例，这本书以拉丁文写成。在书中，林奈阐述了自己的自然界等级划分原则，即将自然界分成动物界（ Regnum animale ）、植物界（ Regnum vegetabile ）和矿物界（ Regnum lapideum ）。
这一版的《自然系统》中列出了约一万种有机体，其中包括约六千种植物和四千二百三十六种动物 。根据威廉·T·斯特恩所说：“即便在1753年他（林奈）认为全球所有植物很有可能超不过10,000种，他一生中光开花植物就命名了7,700种。”
林奈并不认为自己的植物界分类很自然，也不认为这能反映出上帝造物的未明逻辑 。他将有同样数目的雄蕊的物种分在一起，但尽管便捷，他自己却觉得太过武断 。林奈相信上帝造物说，人们常说林奈曾说过“上帝创造，林奈管理”。
因为作品颇受欢迎，林奈继续创作并最终将只有11大页的第1版（1735年）扩写到了有2,400页的第12版（1766–1768） 。同时其理念也在不断进步，例如第1版中鲸被当做鱼，而在第10版中被移到了哺乳纲下。而在这一版中，仿照1753年出版的《植物种志》，他将使用两部分名字的方法引入了动物命名中，而这便是二名法的前身。
命名法
除了将自然界系统地分为动物界、植物界和矿物界外，《自然系统》还为二名法的创立奠定了基础，而二名法现被用于学名命名。他1753年出版的《植物种志》和1758年出版的《自然系统》第10版被认为是命名法的发端。因为他做出的种属命名多数很早，因此后来都优先使用，唯一的例外是1757年卡尔·亚历山大·克莱克出版的《瑞典蜘蛛》 ，该书中的命名优先于林奈的命名 。他的天才吸引了许多年轻学生慕名而来，林奈将他们送往国外帮助自己收集植物，这使得他的著作比同辈人更加有影响力 。
动物
1735年的动物分类
林奈做出的种属以上的命名至今只有在动物界可以找到一些痕迹，其中一些沿用至今，但其用法与林奈时已然不同。按照林奈的说法，动物界应该分为六个纲。在《自然系统》第10版中，它们是：
哺乳纲（Mammalia）：包含哺乳动物，第一版中被分为鱼类的鲸和西印度海牛被分到此纲下。
鸟纲（Aves）：包含鸟类。林奈将蝙蝠从鸟纲中移到哺乳纲下。
两栖纲（Amphibia）：包含两栖动物、爬行动物和不属于硬骨鱼纲的鱼。
鱼纲（Pisces）：包含硬骨鱼，其中鲈形目被单独划出。
昆虫纲（Insecta）：包含所有节肢动物。甲壳纲动物、蛛形纲动物和多足类被分在无翅目（Aptera）下。
蠕虫纲（Vermes）：包含剩下的无脊椎动物。基本可以分为所谓的“蠕虫”、软体动物和有硬壳的生物，例如棘皮动物。
植物界
第10版《自然系统》第837页，其上解释何为植物的“性别系统”
根据他的《性别系统》（ Systema Sexuale ），林奈的植物纲、目从没想要代表自然的分类（这与他在《植物哲学》中的观点相抵触），而是只用来区别不同生物。这种方法直到19世纪还被称道 。这些分类也书写在《自然分类》上，它们是：
Classis 1. 单雄蕊纲（Monandria）
Classis 2. 二雄蕊纲（Diandria）
Classis 3. 三雄蕊纲（Triandria）
Classis 4. 四雄蕊纲（Tetrandria）
Classis 5. 五雄蕊纲（Pentandria）
Classis 6. 六雄蕊纲（Hexandria）
Classis 7. 七雄蕊纲（Heptandria）
Classis 8. 八雄蕊纲（Octandria）
Classis 9. 九雄蕊纲（Enneandria）
Classis 10. 十雄蕊纲（Decandria）
Classis 11. 十二雄蕊纲（Dodecandria）
Classis 12. 二十雄蕊纲（Icosandria）
Classis 13. 多雄蕊纲（Polyandra）
Classis 14. 二强雄蕊纲（Didynamia）
Classis 15. 四强雄蕊纲（Tetradynamia）
Classis 16. 单体雄蕊纲（Monadelphia）
Classis 17. 二体雄蕊纲（Diadelphia）
Classis 18. 多体雄蕊纲（Polyadelphia）
Classis 19. 聚药雄蕊纲（Syngenesia）
Classis 20. 合体雄蕊纲（Gynandria）
Classis 21. 雌雄同株纲（Monoecia）
Classis 22. 雌雄异株纲（Dioecia）
Classis 23. 雌雄杂株纲（Polygamia）
Classis 24.隐花植物（Cryptogamia）
矿物界
林奈的矿物分类法很早就已经不使用了，在第10版的自然系统中，林奈将矿物界分为：
Classis 1. Petræ（岩石）
Classis 2. Mineræ（矿物和矿石）
Classis 3. Fossilia（化石和沉积物）
版本
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