生涯

永禄8年（1565年）出生，是本多正信的嫡子。当时正信由于三河一向一揆而自德川出走，投靠大和国的松永久秀，正纯则在大久保忠世的庇护下度过。

当父亲重回德川家康麾下时正纯同时成为家康的家臣，其不输父亲的智谋得到家康的重用。庆长5年（1600年）关原之战发生时，跟随家康本队出战，战后奉命看管石田三成。

庆长8年（1603年），家康出任征夷大将军，开创幕府，正信更加受到重用。庆长10年（1605年）家康传位给三男德川秀忠，成为大御所隐居，开始了家康与秀忠的二元政治，父亲正信辅佐江户的秀忠，正纯则辅佐骏府的家康。本多正纯的权势也在此时迅速扩大。庆长13年（1608年）受封下野小山藩3万3000石大名。

庆长17年（1612年）2月、正纯的家臣、冈本大八自肥前日野江藩主有马晴信处收取钜额贿赂，答应在肥前杵岛郡、藤津郡、彼杵郡加增的事上斡旋，被判为诈欺罪，处以火刑，有马晴信则在流放被迫自杀（冈本大八事件），此事让本多派的大久保派暂时在幕阁中得势。另外由于冈本大八是吉利支丹（即天主教徒），这次事件更加促成德川幕府的禁教政策。

庆长17年（1612年）12月22日骏府城因火灾焚毁，家康在御所重建前暂住于正纯府邸。庆长19年（1614年）发生大久保长安事件，大久保忠邻，本多父子正式掌握了幕府初期的政治。

庆长19年（1614年）开始大阪冬之阵，在德川氏与丰臣氏讲和的过程中，本多正纯向家康进献了将大阪城内壕沟填平的策略。

秀忠时代

元和2年（1616年），家康与正信相继过世，正纯转往江户的将军德川秀忠处任职，成为年寄（后来的老中）。但自其父亲时代以来的权势，使秀忠及其亲信多有抱怨，尤其家康在正信死后加封了他2万石，也就是说正纯一共坐拥5万3000石土地。

元和5年（1619年）10月福岛正则遭到改易，遵从家康的遗命，再度加增其下野小山藩5万3000石以及宇都宫藩15万5000石，此事更加引起周遭的怨言。

元和8年（1622年）8月，出羽山形的最上氏改易之际，正纯做为使者前往接收山形城，忽然接到来自秀忠处，指控其秘密制造铁炮以及修筑宇都宫城的本丸石垣，甚至预谋宇都宫城钓天井事件中暗杀秀忠等11条罪状，并将领地全部没收。但由于自先代以来的功劳，另外赐与出羽国内由利郡的5万5000石。但正纯却婉拒了这5万5000石，此举更加激怒了秀忠，使本多家最终遭到改易，正纯被佐竹义宣囚禁后流放出羽国横手，仅以幕府施舍的1000石维生。

此事其实是由秀忠宠臣土井利胜一手策划，加上秀忠之姐加纳御前（龟姫）经常向秀忠诉说正纯是非。加纳殿是当正纯受封宇都宫时反而遭到转封往下总古河的奥平忠昌之祖母，其女儿则是因正信、正纯阴谋的大久保忠邻之子大久保忠常正室，因此她对正纯的憎恶是显而易见的。

的正纯曾在幽禁处上野台吟道：

宽永14年（1637年）3月10日（新历4月5日），本多正纯在横手的住所处死去，享年73。

之后的本多家

本多正纯被流放时，其子本多正胜亦获同罪而放逐到由利郡，在正纯过世后七年，其子正胜以35岁英年早逝，正胜的长男本多正好与次男本多正之皆有后代。

嫡男正好在元和9年（1623年）生于江户，同年本多家遭到改易，因而投靠母方的摄津尼崎藩，幼少时就极为好学，在参拜祖父正纯及父亲正胜墓的请求遭到回绝后，受到本多家的亲戚高崎藩安藤家邀请前往做为客将，改名为和田角兵卫。之后住在武藏国小平，本多家在子孙本多正纲（7代当主）一代自一改姓木村的家族再兴，并得到当时的将军德川吉宗破格给予待遇。

正胜的次男正之则在流放地横手出生，通称忠左卫门。正纯死后、受到成濑正虎邀请移居尾张犬山。宽文4年（1664年）获赦，成为拥有3000石的旗本。

人物・逸话

囚禁石田三成时，曾问三成“阁下也是忠臣，为何不切腹以保全名誉呢？”三成则回以“胸怀大志者，直到最后都不会放弃贯彻信念，这点你是不会懂的”。

大阪之阵后，千姬（丰臣秀赖妻）与本多忠刻再婚。为此不满的坂崎直盛打算据守屋敷以抵抗幕府，值此骚动之际幕阁中有人提案买通直盛的家臣，以说服直盛自杀，但正纯则提出“以家臣的不忠抵制主君的不忠，将使天下的政道无法运作”反对此主张。

其父正信得到权势的同时也遭致许多人怨恨，为免有朝身败名裂，曾告诫身为嫡子正纯“绝对不要接受3万石以上的知行”，但正纯并未遵守此遗训，而接受了15万石的土地，终不免得到家破人亡的下场。

与其父一样，对于权力有异常的欲望，现在的历史小说或大河剧中多将其塑造成“家康的宠臣”的形象。然而，同时亦有将其描绘成与石田三成一般令众人畏惧的忠臣的作品。

本多家遭到改易后，幕府命令佐竹氏对正纯加以看管，佐竹义宣却对其款待有加。此事被幕府知道后，对正纯实行更加严酷的监禁，他晚年被幽闭在一间钉得密不透风的屋敷中渡过余生。

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