平安时代末期，保元元年（1156年）在平安京爆发了因皇位继承问题和摄关家内讧而导致的政变及武装冲突。后白河天皇和崇德上皇相互争斗，最终崇德上皇战败，武家势力亦由此介入日本政治角逐，为随后的武家政权建立延续奠定了基础。

主要经过

首先，这一时期的皇位继承出现了问题。永治元年（1141年）12月7日，鸟羽法皇逼迫藤原璋子（待贤门院）之子崇德天皇退位，让位与藤原得子（美福门院）之子体仁亲王（后来的近卫天皇）。体仁论辈分应为“皇太子”，然而让位的诏书中却为“皇太弟”。按规矩，天皇的弟弟即位，退位后的上皇无法开设院政，这就使得崇德上皇倍感不满。

次年，待贤门院因诅咒美福门院的嫌疑被迫出家，崇德院的外戚闲院流德大寺家的势力消退。另一方面，闲院流三条家、中御门流、村上源氏的公卿逐渐倒向藤原得子及其堂兄弟、被称为鸟羽法皇第一宠臣的藤原家成，政界由此分为待贤门院派和美福门院派。

久寿二年(1155年)7月23日，近卫天皇驾崩。朝廷召开会议讨论继位的人选，参加会议的公卿有久我雅定（源雅定）、三条公教等人，均与美福门院渊源颇深。众人合力决定由美福门院的另一个养子守仁亲王，即崇德院四弟雅仁亲王之子继位。但由于守仁亲王年幼，无法越过还在世的父亲雅仁亲王继统；而且如果守仁立即登基，在其成年之前一旦发生鸟羽法皇驾崩的情况，作为上皇的崇德院便有可能成为实权的掌控者。为了避免这两种情况的发生，便决定先由守仁亲王的生父雅仁亲王登上皇位，是为后白河天皇。

新体制成立后，后白河天皇与藤原忻子、守仁与姝子内亲王的联姻相继举行。忻子出身于待贤门院及赖长夫人的娘家德大寺家；姝子内亲王是美福门院的女儿，同时也是统子内亲王（待贤门院之女、后白河天皇同母姐)的养女。这被认为是修复待贤门院派和美福门院派之间的裂痕、同时瓦解支持崇德和赖长势力的行动。

另一方面，是摄关家的内讧。摄关家曾在白河院政下遭受冷遇。鸟羽院政开始后，藤原忠实之女泰子（高阳院）成为鸟羽上皇的妃子，摄关家便恢复了元气。作为关白的藤原忠通因为尚未生有继承人，于是遵父亲藤原忠实之命迎异母弟赖长为养子。但是康治二年（1143年）藤原基实出生后，忠通希望将摄关的地位传给自己的子孙。忠通由此与父亲忠实、弟弟赖长发生对立。后来，因为宫中摄关家各女子册立后妃的冲突，忠实、赖长与忠通的对立已经进入无法修复的阶段。

1156年5月，鸟羽法皇病倒，7月2日，驾崩，此时事态急转直下。“上皇左府同心发军，欲奉倾国家”的流言在京都散布开来。后白河天皇派手下亲信开始突袭崇德一派的家产及军兵集结。藤原忠实与赖长被逼上梁山。

7月9日深夜，崇德上皇与少数亲信逃出鸟羽田中殿，进入统子内亲王位于洛东白河的御所。“上下成奇、亲疏不知”，此行十分秘密，崇德上皇随即期待争取北面武家中有最大兵力的平清盛和其他贵族阶层的支持。被打上谋反人烙印的赖长为了得到举兵的正当性，决心拥戴崇德。

崇德上皇没有等来平清盛的支持。7月11日凌晨，清盛率领的三百多骑占领二条大路，义朝率领的二百多骑占领大炊御门大路，义康率领的一百多骑沿着近卫大路向东行进，在寅时（凌晨4点左右)），与崇德上皇一派的战斗打响。后白河天皇与神镜剑玺一起移驾高松殿旁的东三条殿，源赖盛率数百兵力把守。

根据《保元物语》，崇德上皇一方拥有擅长弓箭的源为朝，其在弓箭上的武艺，后来被负伤的大庭景义称赞为“吾朝无双之弓矢之达者也”。平清盛军中的将领藤原忠直、山田是行因此牺牲，义朝军也因死伤超过五十人，被迫撤退。又据《保元物语》，白河北殿门前也发生了激烈争斗，根据推测，应该是隔着鸭川的拉锯战。

天皇看到战事久攻不下，随后投入赖政，重成，信兼作为援军。源义朝献出一计，火攻藤原家成官邸，借助风势，大火延伸到白河北殿，崇德上皇一方军队被彻底击败，上皇和藤原赖长逃窜后不知所踪。得知藤原赖长败北的藤原忠通从宇治逃亡到奈良。

随后上皇率领手下武士俱投降。23日，崇德上皇被流放到赞岐。这是继藤原仲麻吕之乱中淳仁天皇的淡路配流后，时隔400年再次发生天皇或上皇的配流事件。此后崇德再也没能踏上京城的土地，于8年后的长宽二年(1164年)逝世。

​​​​​​​历史影响

保元之乱是古代国家内部矛盾与腐朽事实的总爆发，显示了旧体制的瓦解变为不折不扣的事实，同时也展示了参与的武家的势力之优越性。当时的人们说，保元之乱后成了武家的天下，今天的历史学家肯定了这一点，即保元之乱后开始了武家时代和中世。但这并不是说，武家政治已经成熟到在保元之乱后能取代公家政治；而公家政治的传统势力，仍然存在，而且还不脆弱。

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