争夺摄政权

当父王托勒密四世逝世时，托勒密五世还是小男孩。托勒密四世时期的两位宠臣索西比乌斯和阿加托克利斯担心王后阿尔西诺伊三世会得到摄政的位置，他们隐瞒国王死讯并偷偷杀了王后，以确保他们可以获得王国摄政权 。前202年，纸包不住火，阿加托克利斯的恶行被传开，引起民众的普遍不满，军事重地培琉喜阿姆的将军特勒波勒摩斯带头发动起义，亚历山大的马其顿裔驻军随后响应特勒波勒摩斯，阿加托克利斯只好交出小国王来换求赦免，然而起义的军民手中一获得国王，就劝说小托勒密五世判处那些谋杀阿尔西诺伊三世的人死罪，学者E. R. Bevan认为年仅七岁的托勒密五世惊恐万分而同意，就这样阿加托克利斯和多位他的党羽，就被暴民凌迟而死 。

外敌入侵

在托勒密四世还未去世，塞琉古国王安条克三世就积极准备夺取托勒密埃及的海外领地，埃及新国王继位后这举动更明显。当时王国摄政索西比乌斯和阿加托克利斯派遣多路使者分别向罗马交好，到希腊各邦雇佣新佣兵，阻止马其顿腓力五世一同加入塞琉古的入侵计划，劝说安条克三世遵守和约。然而刚历经政变的新摄政特勒波勒摩斯无力避免外敌入侵，在前202年腓力五世夺取托勒密埃及的色雷斯领地，同时安条克三世也入侵柯里，爆发第五次战争 。局势越来越对托勒密五世不利，卡里亚和爱琴海的舰队基地萨摩斯岛于前201年落入马其顿手中，塞琉古军甚至夺取了迦萨，最后无能的王国摄政被阿里斯托梅尼取代。

王国的军事统帅斯科帕斯曾是埃托利亚同盟的将军，在前些年被雇佣到埃及来，斯科帕斯趁著塞琉古军过冬之时发动反攻，收回一部分失地，前200年塞琉古安条克三世在帕尼翁战役击败斯科帕斯，并夺下西顿，这场战役注定托勒密埃及战败。安条克继续进攻托勒密埃及在小亚细亚领地 ，前195年埃及与安条克三世签订和约，塞琉古公主克丽奥佩脱拉一世嫁给托勒密五世，结束第五次战争，此时托勒密王国几乎失去除了塞浦路斯以外的海外领地。这场战争也让埃及开始转向日益强大的罗马寻求保护。

  前202年，托勒密埃及疆域，第五次战争爆发前.

埃及人反叛

原先埃及原住民就要负担很重的岁赋，随着战争节节失利，埃及人的负担无疑更重。前197年，境内多处爆发反托勒密政权的叛变，甚至尼罗河三角洲的吕科波里（Lycopolis）也发生叛变，更不提之前早已独立的上埃及敌对埃及法老安克马基斯（Ankmachis）的势力，仅管托勒密军队夺回吕科波里，并残酷惩戒叛乱的城镇，但上埃及内乱一值持续到前185年托勒密将军科那努斯（Conanus）抓到安克马基斯，平定叛乱为止。

在1799年时发现的罗塞塔石碑 ，是托勒密五世时期公元前196年的诏书的石碑。上头阐述年仅13岁的托勒密五世加冕一周年时的纪念，主要是在叙述托年轻国王自父亲托勒密四世处袭得的王位之正统性，与托勒密五世所贡献的许多善行，例如减税、在神庙中竖立雕像等对神庙与祭司们大力支持的举动。这份石碑使得近代的考古学家得以有机会对照各语言版本后，解读出已经失传千余年的埃及象形文，对古埃及学上有重大意义。另外从石碑上推测，当时埃及祭司可能帮助托勒密政权度过这场危机，使得国王下诏感谢祭司 。

继位

托勒密五世很年轻就去世，一些历史学家怀疑他可能被毒死。在他的长子托勒密六世继位时还是小孩，由母亲克丽奥佩脱拉一世担任王国摄政。托勒密五世之死再度引发托勒密埃及和塞琉古帝国有关柯里归属问题，再度爆发战争。

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