背景

1644年，明朝首都北京陷落，早在关外建立清朝的满人趁李自成起事等因素，入主北京。因为清朝未立即进取华南，加上兵力不足、倡导“以汉制汉”等政策，明朝得以南迁，史称南明时期。南明政权先后由明安宗、明绍宗、绍武帝、明昭宗等君主执掌。其中，出身海盗而被明朝招抚为官的郑芝龙支持绍宗，并于1644年－1645年间被封为平国公、南安伯及南安侯等重要爵位并身兼户部、兵部、工部三部尚书。

初建

郑芝龙崛起于海上，后接受明朝招安获授海防官职，更堂而皇之经营海上事业、国际贸易。荷兰东印度公司的营运受到明末将士郑芝龙势力的影响，地方商贸周济不顺，全被大明国际海上事业吸走了，让白人荷兰人数度联合其他势力攻击郑芝龙，明末将士郑氏海军击溃荷兰东印度公司。其规模史载叙述形容：“凡海舶不得郑氏令旗者，不能来往。每舶例入三千金，岁入千万计，以此富敌国，自筑城安平镇”； “从此海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利，芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显”、“八闽以郑氏为长城”，至此，明郑势力的通商范围广及：大泥、浡尼、占城、吕宋、魍港、北港、大员、平户、长崎、孟买、万丹、旧港、巴达维亚、麻六甲、柬埔寨、暹罗，据估计，明郑兵力达20万，拥有超过三千艘船的船队，成为中国东南海洋世界的唯一强权。

思明六官

1646年，郑芝龙依附清朝政权，惟其子郑成功仍继续支持南明政权。因两次击退清军有功，郑成功被明昭宗（年号永历）敕封为延平郡王。1655年，因为昭宗特准郑成功设置六官及察言、承宣、审理等官方便施政，同时允许郑任免各官，武官可达一品，文职可达六部主事。至此，郑成功拥有闽浙部分辖土、民政、军事等权。郑成功每次拜封官员，都请朱术桂和明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。郑成功同时将厦门改名为思明州，并建造演武亭，以便郑成功亲自督察官兵操练。

1658年、1659年，拥有闽浙据点的郑成功两度攻击清政权浙江舟山及金陵两重要军事据点，惟均未获得决定性成功。

收复台湾

1661年3月1日，郑成功北伐南京失败，损兵折将，难以与清军抗衡，于是决意进攻台湾，最后于翌年阳历2月1日攻下热兰遮城，将荷兰人驱逐出台湾，建立政权。而该政权于1662年郑成功去世后，传郑经、郑克塽二代后，至1683年被施琅打败，降清为止。

西征

明郑除了拥有台湾外，也于1673年－1680年间，以军力占拥有闽南部分领土。

1673年，三藩之乱爆发，继承郑成功于台湾建立政府体制的延平王郑经，接受靖南王耿精忠请援，率军由台湾西渡福建。郑经先调遣兵万人、船百余艘先行至厦门，耿军派人往接。开始时，郑经军容不似郑成功时代之壮盛，耿精忠一开始甚为轻视。但郑经以厦门为根据地，陆续攻下漳州、泉州与潮州三府，进而攻下闽粤交接的重要据点惠州。郑经于攻下多座城市，商请耿精忠如约拨船及地方安插兵士。耿精忠不答，双方开始交恶。

1680年代始，广东平南王尚之信、福建靖南王耿精忠相继为清军所平定，云南平西王吴三桂亦死亡，明郑势力败退仅能守住厦门。1680年，清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵（原为耿精忠部将）率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并率残余兵力回台，至此，明郑在闽南的势力再度消失。

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