咸丰十一年十月初九在太和殿举行了载淳的登极大典，改号为同治，实际上是慈禧一人总揽大权，开始了她长达四十八年之久的统治。载淳于十一年九月十四日十七岁时举行了大婚典礼。两宫皇太后于第二年正月廿六日正式卷帘归政了，但慈禧极不放心，还常常插手干预，使年轻自负的载淳皇帝不甘忍受，不到两年就死了。

　　对于同治帝的死，尽管清代宫廷史料，特别是档案内均有较明确的记载，但由于上述的种种原因，在一些私人着述和笔记中，还是提出了各种不同的说法，并加了一些演义性的描绘，有的说他死于天花，有的说他死于梅毒，也有的说他死于疥疮，众说纷纭，莫衷一是。据《桃花圣解庵日记》同治十三年甲戌十二月五日记载：……嘻戏游宴，耽溺男宠，日就裸瘠，旋患痈，项腹各一，皆浓溃，日未昏，殆不知人。

　　同治帝《国史旧闻》)濮兰德、巴克斯着慈德外记》载：“私家着述，皆谓太后纵帝游荡，及至得疾，又不慎重爱护，以至深沈不起，……盖帝常履饮于外，至翌晨召见军机时犹未归也，或醉中言语失次，杂以南城猥贱之事，……一八七三年(即同治十二年)外间皆窃窃私议恐帝寿之不久。至次年十二月，帝得痘症，不能临朝，两宫皇太后代执国政，月底帝遂降谕日：‘朕于本月有天花之喜，……’”。

　　《四朝佚闻》中载：“穆宗之崩，传者不一，或云天花，或云内毒，而医药不能尽合……”这些着述除了记载同治皇帝的病情死因之外，还特意说明了同治皇帝南郊微服履行之事，并且把这件事与同治皇帝母子矛盾及病和死联系在一起。说明由于西太后专权，同治忧郁不快之情，但是，在慈禧监视之下，仅有几个太监夜间常出没于宫禁森严的大内，至整夜不归，竟达次晨来不及召见军机大臣或醉语胡言的程度似难出现。其实。同治皇帝的病情和死因，可以从清代皇帝“脉案档簿”中看得一清二楚，《万岁爷进药底簿》中详细记录了自同治十三年十月三十日未刻载淳得病至同年十二月初五日酉刻死去前后三十六天的脉案、病情和用药情况，它完全证明了载淳最后死于天花。这是详实可靠的。

　　1979年中国第一历史档案馆、中医研究院和北京医院的有关专家教授，对同治皇帝的病情发展及用药情况进行了专门的研讨，大家的结论仍认为同治皇帝死于天花是无疑的。