雍正元年(1723)，青海蒙古贵族、和硕特部大台吉罗卜藏丹津聚兵十余万人，屡犯重镇西宁，劫持蒙古亲王，并杀害朝廷派去调和的钦差大臣。新君震怒，授川陕总督年羹尧为抚远大将军，四川提督岳钟琪为征西副将军、参赞大臣，挥师西征。

　　岳钟琪乃民族英雄岳飞的21世孙，最初因康熙朝定额卖官筹粮打仗的临时性财政政策，捐了一个候补同知。乃父岳升龙在康熙朝随御驾亲征噶尔丹立功，受封四川提督。此前，岳钟琪在康熙朝就建有军功，此次率六千精锐，出奇兵，不到一年平定青海，获授兼甘肃巡抚，督办甘、青军政。　　

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　　雍正三年春，年羹尧案发，岳钟琪接任川陕总督，封三等公，在陕甘两省推行摊丁入亩，又对四川乌蒙等土司实行改土归流，坚决推行雍正新政。

　　汉人岳钟琪掌川陕三省军政大权，自会要防朝廷有人非议。当年吴三桂领着“三藩”造反，打到长江边也被逼进了死胡同。况岳家祖上是靠抗击女真保护汉人而出名的，皇帝清楚，老岳谨慎。只要一有风吹草动，赶紧上奏，谨表忠心。

　　雍正五年某天，成都街上，一疯子狂喊：“岳钟琪要率川陕兵丁造反了!”岳迅速查明“湖广人卢宗寄居四川，因私事造蜚语”，立即上报。很快，雍正朱批下发：“数年以来，谗钟琪者不止谤书一箧，甚且谓钟琪为岳飞裔，欲报宋、金之仇。钟琪懋著勋劳，朕故任以要地，付之重兵……今此造言之人，不但谤大臣，并诬川、陕军民以大逆。”以“造谣惑众，诬陷大臣罪”，将卢宗奇斩首示众。 

　　第二年，靖州秀才曾静受吕留良反清思想影响，派弟子张熙送信给岳钟琪，责骂雍正弑父篡位，又以岳飞抗金的事迹激岳，劝他调转枪头指向金人后裔满人，为宋明二朝复仇。岳钟琪假装同意，骗出口供，诱捕二人，押解进京，引发有清一代文字狱之首的吕留良案，株连甚广。雍正下旨将已死近50年的吕留良行剖棺戮尸，把吕家上下六十余口人流放关外世代为奴，但他没有杀曾静和张熙，还编了一本《大义觉迷录》，给了曾静一个闲职和一千两白银。同时，岳钟琪告发有功，雍正褒奖加封，仍委以重任。　　

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　　雍正七年二月，准噶尔首领噶尔丹策零“稔恶藏奸，终为边患”，雍正命黑龙江将军傅尔丹为靖边大将军，统领满蒙旗兵组成北路大军出师;拜川陕总督岳钟琪为宁远大将军，以四川提督纪成斌等参赞军务，统领川陕甘汉兵组成西路大军征讨，还特地给岳钟琪加少保。

　　《清史稿》中是这样评价岳钟琪的：“钟琪沈毅多智略，御士卒严，而与同甘苦，人乐为用。世宗屡奖其忠诚，遂命专征。终清世，汉大臣拜大将军，满洲士卒隶麾下受节制，钟琪一人而已。”

　　第二年八月，岳钟琪檄令西路大军各部，取道河西，16万大军集结于巴里坤。噶尔丹策零已得朝廷大举征讨的消息，一边调兵遣将，一边差使进京，称愿交钦犯罗卜藏丹津，请罢兵议和。雍正召两路主帅进京，暂缓进兵。噶尔丹策零趁机派二万人马突袭岳钟琪所设科舍图岭牧场，劫走大批驼马、辎重，焚烧粮草。总兵曹勷“轻骑以赴，战败亦走”。总兵樊廷率两千清军奋起追击，与敌拼死激战七昼夜，终将叛军击溃，夺回部分驼马、辎重。护理大将军印的纪成斌，闭城不出，不敌而逃，及至清军溃敌后，又隐瞒损失，夸大战果，向朝廷邀功。 

　　岳钟琪回营坐镇，布置有效兵力，欲与敌决一死战。噶尔丹策零自知岳钟琪不易对付，于是只留少数兵力在吐鲁番一带牵制，而把主力精锐近六万人马布置在北路清军的必经之路，大败傅尔丹，致其几乎全军覆没。　　

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　　岳钟琪反攻，诸军奋进，夺所踞山梁，敌军败走。西路军驻守吐鲁番，难耐盆地酷暑。岳钟琪派兵运送粮草给养，途中遭劫，粮草驼马尽失。纪成斌防守的瘦集、张元佐驻防的无克克岭，连遭叛军攻破，驼马粮草被抢劫一空。粮草不济，饮水困难，军心不稳，士气低落。奏报到京，雍正不快，翻出岳钟琪关于新疆战况和作战方案的奏折披阅，越看越恼：“岳钟琪所奏，朕详加披阅，竟无一可采。岳钟琪以轻言长驱直入说，又为贼夷盗驼马，既耻且愤。”于是，追查科舍图岭之役的失误，责纪成斌的“怠忽”，降为沙州副将。

　　后来，岳钟琪施以“围魏救赵”之计，率西路主力过关斩将，分三路进攻，叛军闻风逃遁，西路军占领新疆首府。雍正表扬岳钟琪“此次领兵袭击贼众，进退迟速，俱合时宜”。雍正十年十月，噶尔丹策零七千人马偷袭哈密。岳钟琪遣总兵曹让击敌，派副将军石云倬设伏，断敌退路。但石云倬没有挥师追击，致使叛军劫持大量物资安然撤退。雍正帝降旨，治石云倬、曹让斩首示军，严责岳钟琪“攻敌不速，用人不当”，“岳钟琪素谙军旅，本非庸才，但以怀游移之见，致战守乖宜。前车之鉴，非止一端。” 

　　岳钟琪接连受雍正帝的严责，显然已经失宠。军机大臣、内阁大学士鄂尔泰乘机弹劾岳钟琪“专制边疆，智不能料敌，勇不能歼敌”。雍正下谕“降三等侯，削少保，仍留总督衔，护大将军印”，不久又召离疆返京“商办军务”，查郎阿任大将军。查郎阿“又论钟琪骄蹇不法，且劾成斌疏防”。副帅纪成斌在平叛青海时有卓越战功，但此次和总兵曹勷都被砍了头，总兵张元佐也被调离降职。　　

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　　岳钟琪返京当月，雍正下诏“交兵部拘禁候议”。岳钟琪被捕入狱整整两年后，兵部判决上奏“斩决”。雍正念及其当年进、平青海之功，改“斩决”为“斩监候”，并处罚银70万两。岳钟琪大难不死，乾隆二年释放，后在大小金川战役中再立军功，恢复太子少保、三等公，“命紫禁城骑马，免西征追偿银七十余万”。乾隆为其制御诗，列五功臣中，称“三朝武臣巨擘”云云。