东晋末年，晋朝廷内焦外患，外有诸异族虎视眈眈，时常南侵;内有各军阀盘踞一方，伺时而动，晋王朝摇摇欲坠。隆安三年(399年)，孙恩在会稽起兵反晋，东南八郡纷纷响应。晋廷虽然在隆安五年(402年)最终平定了叛乱，但却消耗了大量兵力，造成京防空虚。这就给了盘踞荆州一带的桓玄以可乘之机。

　　桓玄

　　桓玄是东晋权臣、大司马桓温之子。由于桓温晚年有篡位的迹象，所以在桓温死后，晋廷对桓玄一直心怀戒心，不敢重用。这让桓玄颇觉不得志，曾感叹：“父为九州伯，儿为五湖长”。公元396年，晋孝武帝死后，司马道子、司马元显父子把持朝政，宠信王国宝并图谋削弱方镇，引起了青兖二州刺史王恭的不满。王恭遂于隆安元年(397年)举兵，迫使司马道子诛杀了王国宝。次年，王恭再次举兵，桓玄、杨佺期和时任荆州刺史的殷仲堪起兵响应。

　　及后王恭因刘牢之反戈而败死，桓玄等因畏惧而撤回蔡洲与朝廷军对峙。为了瓦解桓玄、杨佺期和殷仲堪的联盟，司马道子遂以桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，而把殷仲堪贬为广州刺史。殷仲堪大怒，催促桓玄和杨佺期进兵。桓玄和杨佺期因得了最大的实惠，不想出兵，殷仲堪一怒之下退兵回荆州。桓玄等大惧，遂也撤兵，并赶上殷仲堪。因各自的利害关系，三人重新结成了同盟，共同约定不接受朝廷诏命。司马道子为了安抚殷仲堪，最终恢复了其荆州刺史，于是三人各回任地。

　　桓玄之乱

　　隆安三年(399年)，荆州发大水，桓玄乘机袭击了殷仲堪，杨佺期前来救援，终因粮草奇缺，双双为桓玄所杀。于是桓玄就独霸了荆楚，一时间实力大增。司马元显对此极为不安，遂于元兴元年(402年)举兵伐玄。后因刘牢之反戈，遂被桓玄攻入建康，司马道子父子被杀，桓玄由此得以掌握朝政大权。随后，桓玄野心越来越大，并于元兴二年(403年)篡晋称帝，改年号为永始。

　　桓玄称帝后就广为修缮宫室，大兴土木，且催促严急，使得上下疲于奔命，遂使得思乱者众。在这种情况下，刘裕遂于元兴三年(404年)聚集北府兵残余兵将一千七百余人举兵起义，占领了京口。此时桓玄拥有正规军4万，后备军10余万，然而在获悉刘裕率众起事后却大为忧惧，或曰“裕等乌合微弱，势必无成，陛下何虑之深?”玄曰“刘裕足为一世之雄;刘毅家无檐石之储，樗蒲一掷百万;何无忌酷似其舅(刘牢之);共举大事，何谓无成!”

　　刘裕占领京口后，就杀死了桓玄派去讨伐的猛将吴甫之和皇甫敷，随后进攻覆舟山，虚张声势，营造出四周皆有士兵的假象;又因桓玄守军多为原北府兵，晓得刘裕作战勇猛，对其都没有了斗志，于是刘裕率诸军顺利以火攻击溃桓玄军，桓玄弃城西逃。

　　刘裕进据健康城后，继续派兵追击桓玄。桓玄逃回老巢荆州后，马上组织了数万水军进行反攻。这时刘裕派去的刘毅、刘道规等兵马不满万人，然而却个个斗志昂扬。而桓玄兵马虽众，却“常漾舸於舫侧以备败走”，仗还没打就在演习战败后如何逃走，“由是众莫有斗心”，士气此消彼长桓玄由此大败，并在逃去蜀地途中为冯迁所杀，桓玄之乱遂平。

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