袁恕己在长安年间官至司刑寺少卿，兼相王府司马。

　　拜相封王

　　705年(神龙元年)，武则天病重。袁恕己与张柬之、崔玄暐、桓彦范、敬晖等人趁机发动兵变，诛杀张易之兄弟，拥立唐中宗复位。他随相王李旦统率南衙禁军，以防止不测，捕获韦承庆、崔神庆等张氏党羽，因功升任中书侍郎、同中书门下三品，并封银青光禄大夫、南阳郡公，不久又升任中书令，加特进。当时，武三思仍在朝中为相。他与韦皇后私通，在中宗面前不断进谗，称袁恕己等人恃功专权，并提出明升暗降的计策。五月，桓彦范、敬晖、张柬之、崔玄暐、袁恕己五人被罢去宰相之职，加封郡王，只能在每月初一十五上朝面君。其中，袁恕己被封为南阳郡王。

　　贬官遇害

　　706年(神龙二年)，袁恕己被贬出朝廷，担任豫州刺史，不久又贬为郢州刺史。不久，驸马都尉王同皎谋诛武三思，事泄被杀。武三思趁机诬陷袁恕己等人与王同皎同谋，暗中指使许州司功参军郑愔向朝廷告发。唐中宗于是将袁恕己贬为窦州司马，并剥夺封爵。同年七月，武三思暗中命人将韦皇后后宫之事大肆宣扬，并嫁祸给袁恕己等人。唐中宗大怒，将袁恕己流放环州。不久，武三思命周利贞暗杀袁恕己。周利贞知道袁恕己平时喜欢吞食黄金，便逼他喝下野葛汁。袁恕己体内毒发，疼痛难忍，以手抓地，指甲全被磨尽，但仍不能死，最终被周利贞击杀。

　　平反昭雪

　　710年(景云元年)，袁恕己被追复官爵，赐谥贞烈。718年(开元六年)，唐玄宗将袁恕己的灵位放入唐中宗的宗庙中。782年(建中三年)，唐德宗又追赠袁恕己为太子太傅。

　　轶事趣闻

　　将作少匠杨务廉因精通营建宫殿楼台而被提升。袁恕己恐中宗沉溺于奢侈游乐而不思国事，数次弹劾道：“杨务廉位居九卿，不以进治国安邦之策，反而专事营造宫殿宛囿以取媚陛下，不予贬谪，何以昭示德行。”中宗遂贬杨务廉为陵州刺史。